6-4-11. 조세특례제한법상 세액공제·감면시 주의할 사항

 

1. 총괄표

구분	농어촌특별세	감가상각의제	이월공제	최저한세	중복공제여부
창업중소기업․벤처기업세액감면(제6조)	×	○	×	○ ※1	감면:× 공제:개별판단
중소기업특별세액감면(제7조)	×	○	×	○	감면:× 공제:※2
공장이전 세액감면(제63조)	×	○	×	○(지방이전×)	감면:× 공제:개별판단
주택임대사업자 세액감면( 제96조)	○	○	×	○	감면:○ 공제:○
사회적기업․장애인표준사업장 감면 (85의6)	○	○	×	×	감면:× 공제:개별판단
연구인력개발비세액공제(제10조)	×	×	○	○(중소기업×)	감면:○ 공제:○
통합투자세액공제(제24조)	○	×	○	○	감면:× 공제:○
상가임대료인하세액공제(조특법 제96조의3)	○	×	○	×	감면:○ 공제:○
의료비교육비 세액공제(제1223)	○	×	○	○	감면:○ 공제:○
고용증대 세액공제(제29조의7)	○	×	○	○	감면:※3 공제:○
사회보험료세액공제(제30조의4)	×	×	○	○	감면:× 공제:○
전자신고 세액공제(제104조의8)	×	×	○	○	감면:○ 공제:○
성실신고확인비용세액공제(제126조의6)	×	×	○	×	감면:○ 공제:○

 

※1. 100%감면되는 청년, 소규모, 위기지역창업 및 인원증가 따른 추가감면은 최저한세 과세 제외.

※2. 고용증대세액공제와 사회보험료세액공제와는 중복적용되나 그외 세액공제와는 중복배제

※3. 창업중소기업중 고용증가 추가감면(법제6조 제7항)과 중복적용되지 않으나, 그 외 다른 감면과 중복적용 가능합니다.

☞감면과 감면 : 동일사업장, 동일 소득에 대하여 중복적용되지 않습니다. (구분경리 필요)

☞공제와 공제 : 기본적으로 공제와 공제는 중복적용됩니다. 다만 동일자산에 대한 투자세액공제는 중복적용되지 않으나,  투자자산이 여러 건인 경우 각 자산별로 투자세액공제를 달리할 수 있습니다..

☞감면과 공제: 각종 투자세액공제와 사회보험료세액공제는 감면과 중복 적용되지 않는다. 이는 동일연도 발생분에 배제된다는 것이고, 이월된 세액공제와 당해연도 감면은 중복 적용됩니다.
그러나 2018부터 사회보험료세액공제와 중소기업특별감면은 중복적용되며, 또 사업장을 구분하여 감면과 공제를 각각 적용하는 경우 중복 적용됩니다.

 

2. 최저한세 (조특법 제132조 제2항)

 

조세특례제한법에 의하여 아래의 소득공제·세액감면·세액공제를 받을 경우 최저한세가 적용된다.

법인의 경우에는 중소기업은 과세표준의 7%, 중견기업은 8~9%, 일반기업은 10% 등이 적용되지만, 개인사업자의 경우 아래의 소득공제를 받기 전 산출세액의 35% 또는 45%의 최저한세가 적용되며, 최저한세 적용으로 공제를 받지 못하는 세액공제는 5년간 이월하여 공제된다.

 

(1) 개인사업자 최저한세

 

사업소득(조특법 제16조 벤처기업등에 대한 투자소득공제시에는 부동산 임대소득 포함)에 대한 산출세액계산시, 아래의 소득공제 전 과세표준으로 계산한 산출세액이

• 3,000만원 이하이면 산출세액의 35%(A)
• 3,000만원을 초과하면 위 세액(A) + 3,000만원 초과 산출세액의 45%를

최저한세로서 납부하여야 한다.

☞ 종합소득 산출세액이 아니고 사업소득에 대한 산출세액을 말한다

 

1) 최저한세 적용되는 소득공제

구분	관련조문
중소기업지원설비에 대한 손금산입의 특례	제8조
연구개발 출연금등의 과세특례	제10조의2
중소기업창업투자조합 출자등에 대한 투자소득공제 ( 사업자만 해당)	제16조
설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례	제28조의3
소기업소상공인 공제부금 소득공제(사업자만 해당)	제86조의3
소득공제 종합한도 2,500만원 적용대상 소득공제	제132조의2

 

3. 무신고·경정결정·수정신고시 감면배제 ( 조특법 제128조 제2항, 제3항. 제4항 ), 사업용계좌·현금영수증미가입·신용카드·현금영수증 미발급의 경우 감면 배제

 

(1) 무신고자로서 기한후신고를 하거나 세무서장의 무신고자 결정시 또는 기본법상 부당과소신고금액 (신고불성실 가산세 40% 적용항목. 기본법 47조의3 2항 1호)에 대해 세무서장이 경정결정하거나 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고하는 경우 아래 표의 세액감면은 배제.

 

☞ “과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우”이므로 세금계산서 불부합에 대한 해명요구, 수정신고 안내문을 받고 수정신고하는 경우 등 부당과소신고가산세가 적용되는 과소신고소득금액에 대하여는 감면이 배제된다

☞복식부기의무자의 추계신고시 감면 여부

복식부기의무자가 추계하여 신고한 경우에는 중소기업특별세액감면등 조특법상 감면을 적용하지 않는 것이 원칙이다. 다만, 2016․ 7․ 13․ 국세청의 유권해석 이전에는 10년간에 걸쳐서 감면을 인정하였고 이 관행이 성립된 것으로 납세자가 신뢰할 만한 점을 고려하면 신의성실의 원칙, 소급과세금지의 위반이므로 2016. 7. 13. 이전 신고한 경우 복식부기의무자의 감면은 인정되어야 한다 ( 조심 2016전4308 2017. 5. 23. )

 

(2) 사업자가 다음의 1에 해당하는 경우에는 해당 과세기간에 대하여 아래의 감면을 배제한다. 다만, 의무를 불이행한 데 대하여 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

제6조	창업중소기업감면
제7조	중소기업특별세액감면
제12조	기술이전 및 기술취득과세특례
제12조의2	대덕연구개발특별지구
제31조 4항.5항	중소기업통합 감면
제32조	법인전환 양도소득세 이월과세
제33조의2	사업전환중소기업감면
제62조 4항	공공기관이 혁신도시이전 감면
제63조	공장이전중소기업감면
제63조의2 2항	수도권외지역이전감면
제64조	농공단지입주기업감면
제66조	영농조합법인감면
제67조	영어조합법인감면
제68조	농업회사법인세 감면
제85조의 6	사회적기업,장애인표준사업장
제96조	소형주택임대사업자감면
제102조	산림개발소득감면
제104의24 1항	해외진출기업국내복귀감면
제121의8	제주첨단과학기술단지입주
제121의9 2항	제주투자진흥지구단지입주
제121의 17 2항	기업도시입주기업감면
제121의 20 2항	아시아문화중심도시입주감면
제121의 21 2항	금융중심지차업기업감면
제121의 22 2항	첨단의료복합단지입주감면

 

 

(3) 배제되는 사유( 개인사업자의 경우 사업장별 판단 )

 

1) 사업용계좌 미가입

 

｢소득세법」 제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우.

 

2) 현금영수증 가맹점 미가입

• 「소득세법」 제162조의3 제1항 또는 「법인세법」 제117조의2 제1항의 규정에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우
• 제조·도매·소매업으로 사업자등록을 한 사업자가 그 후 수년간 도매업 또는 소매업의 매출실적이 전혀 없는 경우로서 소매업에 대하여 현금영수증 가입하지 않은 경우 감면배제에 관한 규정 및 현금영수증미발급가산세에 관한 규정을 적용하지 아니하는 것임.(소득 -4637 :2008.12.10)

 

3) 신용카드와 현금영수증 발급거부 등

 

소득세법」 제162조의2 제2항에 따른 신용카드가맹점으로 가입한 사업자 또는 「소득세법」 제162조의3 제1항 또는 「법인세법」제117조의2의 규정에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가

• 신용카드매출전표 또는 제126조의3 제3항의 규정에 따른 현금영수증의 발급요청을 거부하거나 
• 사실과 다르게 발급한 경우로서,
  • 사실과 다르게 발급한 사실을 3회 이상 통보받고 그 금액의 합계액이 100만원 이상이거나
  • 해당 과세연도에 신고금액을 5회 이상 통보받은 경우

 

4. 세액의 이월공제(조특법 제144조)

 

(1) 조특법 제144조 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 종전에는 5년간 이월공제되었으나, 2021.1.1. 현재 이월된 세액공제(결국 2015년 귀속 이후 발생분)부터는 10년간 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(부동산 임대를 제외한 사업소득에 대한 소득세서 공제) 또는 법인세에서 이를 공제한다

 

(2) 당해사업연도에 세액공제가 중복적용될 때 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제부터 적용하고 그 후 이월공제가 인정되는 세액공제를 적용한다(법인세법 제59조 제1항)

 

(3) 공제받지 못한 이월세액공제는 개인기업의 법인전환(조특법 제32조에 의한 사업양수도), 법인의 합병 분할 등의 경우에는 잔여공제 가능기간에 한하여 미공제 세액이 승계되나, 개인기업의 상속에 의한 승계, 법인전환이 아닌 사업의 포괄양수도의 경우에는 각종 투자자산의 2년 이내 처분으로 보아서 기공제 세액이 추징되지는 않으나 이월 미공제세액이 승계되지 않는다.(법인-173 2014.04.11. )

 

(4) 기본통칙 144-0…1 [ 경정결정시 이월공제액의 추가공제]

당초 신고시 최저한세 적용으로 이월공제액이 발생한 경우로서 수정신고·경정결정으로 인하여 당해 사업연도의 공제한도가 증가하는 경우에는 이를 추가로 공제하여 경정결정할 수 있다

 

■ 각종 이월공제 기간

구분	이월	공제 순서	적용 시점
조특법 세액공제	10년	당기분 포함 오래된 것부터 공제	2021.1.1. 현재 이월된 세액부터
기부금 공제	10년		2013년 이후 기부금부터
해외납부세액공제	10년	당기분 먼저 공제	2021년 신고시 공제되지 않은 세액부터
결손금 공제	15년	오래된 것부터 공제	2021년 이후 개시한 사업연도 발생분부터

☞조특법세액공제,해외납부세액공제 10년 이월규정은 12월말 결산법인으로 당초 5년 이월이 적용되는 경우 2015년 귀속연도의 이월세액부터 적용되는 것으로 보아야 합니다.

 

■ 세액공제·감면·과세이연등에 대한 경정청구 가능 여부

• 법인세법 및 조특법상 세액공제와 감면의 경우 이를 적용받고자 하는 경우 해당 규정에 ‘신청하여야 한다.’라고 되어있으나, 이는 과세관청에 대한 협조사항에 불과하므로 설령 신청을 하지 않았거나, 다른 세액공제 감면으로 정정하고자 하는 경우 소급하여 신청하면서 경정청구나 수정신고 또는 세액공제의 이월이 가능합니다.
• 그러나 원칙은 과세대상이지만 예외적으로 납세자의 선택에 의하여 적용이 가능한 공장이전 등에 의한 양도차익의 과세이연·결손금의 소급공제·자산수증이익과 채무면제이익의 익금불산입·국고보조금 손금산입( 익금계상되었으나 손금산입이 누락된 경우를 말하며, 익금과 손금이 같이 누락된 경우에는 수정신고시 손금산입 가능 )·고유목적사업준비금 손금산입은 반드시 해당과세연도 정기분 법인세 신고시 세무조정 및 신청서 등이 제출된 경우에 한하여 적용합니다.