6-4-2. 통합투자세액 공제 (조특법 제24조 시행령 제21조)

• 종전의 조특법 조문별로 규정하고 있던 각종 투자세액공제는 2020.12.29 전부 폐지하고 조특법제24조 통합투자세액공제를 신설하여 기존의 각종 투자세액공제를 통합하여 2021년 이후 신고하는 분부터 적용한다.
• 중소기업투자세액공제 등 종전의 투자세액공제는 2020.12.29. 폐지되어 조특법 제24조 통합투자세액공제로 흡수되었지만, 2020·2021 투자분에 대해서는 투자 단위별이 아닌 법인단위별로 종전 투자세액공제( 중소기업투자세액공제, 생산성향상시설투자 등 )를 적용받거나, 신설된 통합투자세액공제를 선택할 수 있다.
• 중소기업의 경우 대부분 신설된 통합투자세액공제가 유리하다.

 

1. 대상 업종

 

모든 개인사업자 및 내국법인을 원칙으로 하되 부동산임대 및 공급업 「조특법 시행령」제29조제3항에 따른 소비성서비스업은 제외한다.

☞ 소비성서비스업 :

• 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다)
• 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업, 단란주점 영업. 다만「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다)

 

2. 공제대상 자산

 

아래의 자산에 대한 투자로서 중고품 및 리스자산은 제외하되, 조특법 시행규칙 제3조의2 규정에 의한 금융리스는 포함한다. 리스자산 중에서 운용리스는 제외되나 금융리스자산으로 신규취득한 경우는 해당되며, 운용리스자산을 금융리스자산으로 변경한 경우는 신규취득이 아니므로 해당하지 않는다.

 

(1)기계장치등 사업용 유형자산(당해 법인의 업종과 직접 관련된 자산)

 

다만, 토지·건축물과 부속설비·구축물 (조특법 별표 1)·차량 및 운반구·공구·기구 및 비품·선박·항공기는 원칙적으로 제외한다.

1. 정보처리 및 기타 컴퓨터운용관업 영위 법인의 프로그램등 개발전용컴퓨터 및 소프트웨어(관리 부서의 사무용컴퓨터는 제외)는 공제대상 사업용 자산에 해당한다.
2. 일반적으로 공제대상 사업용자산이라 함은 감가상각대상자산중 감가상각비가 판매비와 관리비에 해당되는 건물. 차량운반구. 집기비품. 노트북. 사무용 컴퓨터등은 제외되며 업종별자산의 내용연수를 적용 받는 사업설비에 한하는 것으로 해석된다.

 

(2) 위의 (1)에 해당하지 않는 다음의 유형·무형 자산(시행규칙 제12조 제2항 )

 

1) 연구·시험 및 직업훈련시설

 

연구전담부서, 직업훈련시설에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용, 직업훈련시설로서 다음각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 운휴 중인 것은 제외한다.

• 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계·시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기
• 시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산

2) 에너지절약 시설

 

• 「에너지이용 합리화법」 제14조 제1항에 따른 에너지절약형 시설투자(에너지절약전문기업이 대가를 분할상환 받은 후 소유권을 이전하는 조건으로 같은 법 제25조에 따라 설치한 경우를 포함한다) 및 에너지절약형 기자재
• 「물의 재이용 촉진 및 지원에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 중수도(2021.03.16 신설)

3) 환경보전 시설: 

 

별표 2에 따른 환경보전시설

 

4) 근로자복지 증진 시설:

 

 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설

• 무주택 종업원(출자자인 임원은 제외)에게 임대하기 위한 국민주택 규모의 주택(주택에는 국민주택규모 이하의 오피스텔 취득도 가능 법령해석법인2021-73392021.12.30)
• 종업원용 기숙사
• 장애인·노인·임산부 등의 편의 증진을 위한 시설 또는 장애인을 고용하기 위한 시설로서 별표 3에 따른 시설
• 종업원용 휴게실, 체력단련실, 샤워시설 또는 목욕시설(건물 등의 구조를 변경하여 해당시설을 취득하는 경우를 포함)
• 종업원의 건강관리를 위해 「의료법」 제35조에 따라 개설한 부속 의료기관
• 영유아보육법 제10조 제4호에 따른 직장어린이집

☞기본통칙 : 25-22의7·2 부속설비를 포함한 건축물의 장부가액으로 하며 토지가액, 집기, 비품 등은 제외한다.

☞ 구조특법 제25조 : 근로자자 복지증진 시설의 경우 신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다.

 

5) 안전시설 : 

 

별표 4에 따른 안전시설

 

6) 운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등

구분	공제대상 자산
건설업	불도저, 굴삭기, 지게차, 덤프트럭 등 (지방세법 시행규칙 제3조)
어업	어업용 선박
운수업	차량(자가용 제외) 및 운반구
도소매업, 물류산업	운반용 화물자동차, 무인반송차, 창고시설 등 (별표 5)
관광숙박업·국제회의업	건축물과 이에 딸린 승강기 등 부속설비 (지방세법 시행령 제6조)
전문·종합휴양업	숙박시설, 전문휴양시설, 종합유원시설업의 시설 (관광진흥법 시행령 제2조 제1항 제3호가목, 제5호 가목)

 

7) 중소기업이 해당 업종의 사업에 직접 사용하는 소프트웨어:

 

 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

• 인사, 급여, 회계 및 재무 등 지원업무에 사용하는 소프트웨어
• 문서, 도표 및 발표용 자료 작성 등 일반 사무에 사용하는 소프트웨어
• 컴퓨터 등의 구동을 위한 기본운영체제(Operating System) 소프트웨어

 

8) 신성장·원천기술을 사업화하는 시설 :

 

 별표 6의 자산

• 신성장·원천기술의 사업화에 사용하기 위한 사업용자산은 산업통산자원부에 신성장동력, 원천기술심의위원회에서 인정한다.
• 자율주행자동차. 전기구동차, 인공지능, 클라우드, 차세대소프트웨어, CO2활용, 첨단메모리반도체 관련 기술을 말하며 조특법 별표 7에서 규정하고 있다.

 

9) 중소·중견기업이 내국인으로부터 취득하는 특허권·실용신안권·디자인권

 

특수관계인으로부터 취득한 경우 제외하며, 내국인이 국내에서 연구개발(위탁·공동연구 포함)하여 최초로 설정등록한 것에 한한다. (2022.2.15. 이후 취득하는 것부터 적용)

 

 

3. 세액공제

 

• 아래의 기본공제와 추가공제를 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세( 부동산 임대를 제외한 사업소득 )  또는 법인세에서 공제한다.
• 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 받을 것을 조건으로 그 인정을 받기 전에 세액공제를 신청할 수 있다. (2023.02.28 후단신설 ). 또 선세액공제 후 시설인정에 따라 세액공제 규모가 변경되는 경우 과소신고가산세를 면제한다

 

(1) 기본공제

■신성장·원천기술을 사업화하는 시설 ( 조특법 시행규칙 별표 6 참고 )

자율주행자동차·전기차·인공지능·반도체 등 소재·부품, 바이오·화합물의약 등

■  국가전략기술을 사업화하는 시설 ( 조특법 시행규칙 별표 6-2 참고 )

반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이 등

 

(2) 추가공제

 

• 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3( 2023년부터 국가기술전략화 사업에 대해서는 100분의 4 )에 상당하는 금액.
• 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

☞ 사업양수법인이 통합투자세액공제의 추가공제를 적용하는 경우 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액을 산정함에 있어 사업양도를 하기 전 사업양도법인이 투자한 금액은 사업 양수법인이 투자한 것으로 보는 것임 (기획재정부조세특례-467 2022.06.30. )

 

■ 3년간 연평균 투자금액의 계산

(해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액 ) / 3 × 해당 과세연도의 개월 수 / 12

• 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 본다
• 사례 : 2021년 기준 직전 3년 연평균투자액의 계산
  2019.7.1 투자가 최초로 발생하여 2020. 12.31까지 투자금액이 18,000,000원 발생시
  18,000,000 / 18개월 × 36 개월 / 3년 = 12,000,000원

 

(3)임시투자세액공제 신설 ( 제24조 제1항 제3호 신설 2023년 한시 적용 )

 

정부에서는 현재 투자세액공제가 미흡하다고 판단하여 다음과 같이 투자세액공제를 대폭 상향 조정하여 2023년 투자분에 한하여 다음과 같이 임시투자세액공제를 신설하였다.

구분	일반투자	신성장·원천기술	전략기술	추가공제
중소기업	12%	18%	25%	직전3년 연평균투자금액을 초과하는 경우 초과액의 10%. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.
중견기업	7%	10%	15%
대기업	3%	6%	15%

 

4. 투자금액의 계산

 

세액공제 적용 대상 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 세액공제를 적용한다.

 

해당과세연도 투자금액 = Max(a,b) - (c+d) 

• a. 총투자금액에 법인세법 시행령 제69조 제1항에 따른 작업진행률을 적용한 금액 - 해당 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액 / 총공사 예정비
• b. 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액
• c. 해당 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 투자금액
• d. 투자세액공제제도를 적용받기 전에 투자한 분에 대하여 a를 준용하여 계산한 금액

 

5. 수도권과밀억제권역 투자에 대한 세액공제 배제 대상 (조특법 제130조)

투자 종류	89년 이전 창업기업	90년이후 창업중소기업	90년 이후 창업일반기업
대체투자(기존장비의 교체)	공제 가능	공제 가능	공제 불가
증설투자(아래 ※ 참고)	공제 불가 (산업단지,공업지역 가능)	공제 불가 (산업단지,공업지역 가능)	공제 불가
무조건 공제대상투자 (대체, 증설, 창업일 구분 없음)	-디지털방송장비 ( 제작,편집,송신등) -정보통신장비(교환설비,전송설비,선로설비,정보처리설비) -연구·시험, 직업훈련, 에너지 절약, 환경보전, 근로자복지 증진, 안전시설, 신에너지·재생에너지생산시설, 의약품품질관리개선시설.

 

■ 증설투자란 (시행령 제124조 제1항)

• 기획재정부령이 정하는 공장인 사업장의 경우 :
  사업용고정자산을 새로 설치함으로써 기획재정부령(규칙 제53조 제1항)으로 정하는 바에 따라 해당 공장의 연면적이 증가되는 투자
• 공장 외의 사업장인 경우 :
  사업용고정자산을 새로 설치함으로써 기획재정부령 (규칙 제53조 제2항)으로 정하는 바에 따라 사업용고정자산의 수량 또는 해당 사업장의 연면적이 증가되는 투자

 

■ 산업단지 또는 공업지역(시행령 제124조 제2항)

• 산업단지 또는 공업지역”이라 함은 수도권과밀억제권역안에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 산업단지 또는 공업지역을 말한다.
  • 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지
  • 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제36조 제1항 제1호의 규정에 의한 공업지역 및 동법 제51조 제3항의 제2종지구단위계획구역중 산업시설의 입지로 이용되는 구역

 

■ 국고보조금 등으로 취득한 자산의 투자금액 제외

국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업의 보조금으로 취득하거나 저리의 융자를 받은 경우에는 보조금과 저리융자에 따른 이자 지원금에 상당하는 금액(국가 등의 이자보전금액 또는 법인세법상 시가인 이자율과 융자이자율의 차액에 상당하는 금액)을 포함해서 국고보조금으로 보고 각종투자금액 또는 취득가액에서 제외하여야 한다. (조특법 제127조 제1항 )

• 이자지원금 = 융자받은 시점에 시가인 이자율(당좌대출이자율, 가중평균이자율)을 적용하여 계산한 원리금 합계액 - 융자받은 시점에 실제 융자받은 이자율을 적용하여 계산한 원리금 합계액

■ 감면 배제시 투자세액공제로 변경하여 수정, 경정청구가 가능한지 ?

감면(본사이전세액감면 등)을 적용하여 법인세를 감면받았다가 감면배제사유가 발생한 경우 투자세액공제를 적용하는 경정청구가 가능하다. ( 조심201974289 2021.08.23.)

 

■ 단순히 법령상 설치의무로 인한 공사금액의 지출은 환경보전시설에 대한 투자로 보지 않는다

영리성 없이 단순히 법령상 설치의무가 있는 자에 의한 환경보전시설의 설치는 투자에 해당하지 않으므로 환경보전시설 투자세액공제대상에 해당하지 않는다(대법202058380 2021.04.15.)

 

■  소프트웨어 개발비용이 통합투자세액공제에 해당하는지 ?

도·소매업을 영위하는 중소기업이 해당 업종의 사업에 직접 사용하는 소프트웨어에 투자한 경우 자체개발 또는 외주제작 의뢰 방식에 관계없이 통합투자세액공제 대상에 해당함.

 

■   전사적 자원관리 시스템(ERP)에 투자하는 경우로서 해당 시스템의 사용용도 및 구축비용이 지원업무(회계. 인사. 급여등)에 사용하는 소프트웨어는 대상이 안되지만 영업업무에 사용하는 소프트웨어가 별도로 구분되는 경우, 영업업무에 사용하는 소프트웨어에 대한 투자 금액에 대하여는 투자세액공제가 가능하다. (서면법인2022-4711 2023.04.19)

 

■  임대 목적으로 취득한 사업용자산의 투자세액공제 여부

사업연도에 수도권과밀억제권역 밖에서 매입한 임대용 유형자산 ( 산업용기계장비 임대업 )은 투자세액공제 대상에 해당한다 (기획재정부조세특례 -1240 2023.12.14)

 

■  지입회사에 차량을 지입한 차주에 대하여 통합투자세액공제를 적용할수 있는지

지입차주가 차량을 지입함으로써 지입회사가 해당 차량의 소유권을 취득하는 경우에 지입된 차량을 지입차주의 공제대상 자산으로 보아 통합투자세액공제를 적용 가능하다( 기획재정부조세특례 -660, 2022.09.28. )

 

■  신탁회사 명의 신축된 휴양콘도미니업 영위 법인의 투자세액공제 여부

휴양 콘도미니엄업을 영위하는 법인이 신탁회사와 관리형 토지신탁계약을 체결하고 신탁사 명의로 개발사업을 진행하는 경우 신탁사 명의로 신축된 건축물 등에 대해 위탁자 겸 수익자가 통합투자세액공제를 적용받을 수 있음 (사전법규법인2022-832 2023.03.08)

 

■   클린룸

반도체 제조업 등을 영위하는 내국법인이 제품생산 공정상 필수적인 역할을 하는 클린룸을 설치하는 경우 동 클린룸은 임시투자세액공제를 적용받을 수 있는 사업용 자산에 해당하는 것임

 

■   금형은 투자세액공제 대상 자산

금형은 종전 (2019년이전) 즉시상각대상자산이면서 공구에 포함되지 않는 기계장치등에 해당하므로 당연히 투자세액공제 대상이다 ( 서울고법2017누30018 2017.06.01. )

☞2020년부터 금형을 즉시상각 대상에서 제외하고, 즉시상각 대상자산은 투자세액공제 대상자산에서 제외하면서, 금형은 감가상각시 업종별 내용연수를 적용받았으나 2024년부터 법인세법 별표5 차량등에 포함하여 내용연수 5년을 적용한다. 물론 투자세액공제는 가능하다.

 

■  주유소업

주유소업을 영위하는 자가 노후된 주유저장탱크시설과 주유시설을 교체한 경우 임시투자세액공제를 받을 수 있으나 pos시스템설비 교체 및 자동세차기 설치는 세액공제 대상이 아님(서면1팀-359,2007.03.15)

 

■  음식점업을 영위하는 「조세특례제한법 시행령」제2조의 중소기업이 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 투자하는 스무디 제조머신, 커피머신 및 제빙기는 「조세특례제한법」제5조에 따른 중소기업 등 투자세액공제 대상 사업용자산에 해당하는 것이나, 테이블 및 의자는 사업용자산에 해당하지 아니하는 것임 (사전법령해석법인2016-150(2017.01.12)

 

■  제조업체의 태양광 발전시설의 통합투자세액공제 적용 여부

내국법인이 전기료 절감을 목적으로 태양광 발전설비에 투자하는 경우 통합투자세액공제를 적용받을 수 없는 것임 ( 사전법령해석법인2021-1785 2021.12.29. )

☞태양광발전업의 경우에는 발전장비에 해당하므로 당연히 투자세액공제 대상에 해당한다.

 

6. 사후관리

 

• 투자완료일부터 2년( 건물과 구축물의 경우에는 5년)이 지나기 전에 해당 자산을 다른 목적으로 전용 ( 처분, 임대, 업종변경 등 )하는 경우 세액공제액 상당액에 이자상당액 ( 1일 2.2/10,000)을가산하여 법인세 또는 소득세로서 납부하여야 한다.
  그러나 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, 「법인세법」 제50조의 적용을 받는 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계(포괄적으로 양도하는 경우)로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우에는 자산의 처분으로 보지 않아서 투자세액공제가 추징되지 않는다.( 조특법 시행령 137조 )
• 사업승계로 인하여 당해자산의 소유권이 이전되는 경우 기공제된 임시투자세액공제금액은 추징하지 않으며, 공제받아야 할 임시투자세액의 일부를 공제받지 못하고 이월된 세액이 있는 개인사업자가 포괄양수도 방법에 의하여 다른 개인사업자에게 당해사업을 포괄적으로 양도한 경우 그 양수인은 양도인의 미공제세액을 승계하여 공제받을 수 없는 것임.
  그러나 법인전환, 합병 분할의 경우에는 잔여공제기간에 한하여 이월세액이 승계됩니다 ( 서면1팀 -575, 2006.05.02 )

■   최저한세로 인하여 이월공제된 투자세액공제와 당해연도 중소기업특별감면과 중복하여 적용이 가능한지

세액감면과 세액공제의 중복 공제 배제는 동일 발생연도를 기준으로 판단하기 때문에 임시투자세액공제가 최저한세 적용으로 이월된 것이 있을 경우, 이월된 다음 사업연도의 중소기업특별 세액감면과 중복하여 적용 받을수 있음 ( 서이 46012-11761 2003. 10 .10 )

☞그러나 당해연도에 투자세액공제와 각종 감면세액이 중복적용되지 않으므로 당해연도 감면을 받고 투자세액공제는 이월세액으로 처리 할 수는 없습니다.

 

■   수도권 과밀억제권역안의 투자라 함은 본점소재지 기준이 아니고 직접 사용하는 사업장 기준임. 건설업의 경우 본점 소재지를 기준으로 판단하여야 한다.

당해 법인의 본점이 수도권 과밀억제권역에 있다하더라도 직접사용하기 위하여 취득한 투자자산의 사용처가 수도권외의 공장, 지점등이라면 수도권 과밀억제권역의 배제규정을 적용받지 아니한다. ( 서이46012-11841 2003. 10. 23 )

 

■   조특법 규정의 세액공제를 세액감면으로 변경하여 경정청구가 가능한지 ?

법인세 과세표준 신고서를 법정기한내에 제출한 법인이 당해 사업연도에 적용하였던 투자세액공제 조항을 변경하여 적용하고자 하는 경우로서 당해연도의 납부세액에는 변동이 없더라도 이월되는 세액공제의 증가로 인하여 다음 사업연도 이후 납부세액이 감소되는 경우에는 경정청구를 할 수 있는것임. ( 서면1팀 -199 2004.2. 6 )

 

■   당초 법인세 신고시 결손등의 사유로 세액공제신청서를 제출하지 않은 경우 다음사업연도 법인세 신고시 소급하여 세액공제신청서를 제출할 수 있는지 ?

2002 사업연도에 기계장치에 대한 투자를 완료하였으나 결손으로 인하여 임시투자세액공제신청서를 제출하지 못하고 2003 사업연도 법인세 신고시 이에 대한 세액공제 신청서를 제출한 경우 임시투자세액공제 이월공제가 가능하며 이월공제 세액과 중소기업에 대한 특별세액감면이 중복하여 적용이 가능함. ( 서이 46012-10142 2003. 1. 22. )

 

■   투자세액공제 적용시 중소기업의 판단시점

과밀억제권역에서 중소기업었던 내국법인이 이후 규모 확대등으로 중소기업에 해당하지 않게된 경우 사업용고정자산 취득일이 속하는 과세연도 종료일을 기준으로 중소기업여부를 판단한다. ( 기획재정부 조세정책과 113011. 2023. 05.15 )

 

■   외국에서 수입한 기계장치등이 투자세액공제 대상이 되는지 ?

외국에서 수입한 기계장치등은 투자세액공제대상이 된다. 다만 이때도 중고 수입품은 대상이 되지 않는다 ( 시행령 제23조 제14항 참고 )

 

7. 주의사항

 

• 세액감면과는 중복적용되지 않는다. 그러나 이월된 세액공제와 당해연도의 감면은 중복적용이 가능하다.
• 농어촌특별세 과세대상이다.
• 결손·최저한세의 적용으로 공제받지 못하는 세액은 다른 투자세액공제와 마찬가지로 5년간 이월공제되며, 창업초기 ( 설립일로부터 5년이내 ) 투자의 경우 7년간 이월공제된다.
• 법인세·소득세 신고시 미공제된 세액공제는 10년간 이월공제된다.
• 조특법상 각종 세액공제시 개인사업자의 경우 사업소득에서만 공제가 가능하며 이때 사업소득에는 부동산임대소득을 포함하지 아니한다. 다만 성실신고사업자와 성실신고확인서 첨부자에 대한 의료비, 성실신고비용세액공제는 가능하다 ( 조특법 제5조 제1항 본문 후단)

 

■ 각종 이월공제 기간

구분	이월	공제 순서	적용 시점
조특법 세액공제	10년	당기분 포함 오래된 것부터 공제	2021.1.1. 현재 이월된 세액부터
기부금 공제	10년		2013년 이후 기부금부터
해외납부세액공제	10년	당기분 먼저 공제	2021년 신고시 공제되지 않은 세액부터
결손금 공제	15년	오래된 것부터 공제	2021년 이후 개시한 사업연도 발생분부터

☞조특법세액공제,해외납부세액공제 10년 이월규정은 12월말 결산법인으로 당초 5년 이월이 적용되는 경우 2015년 귀속연도의 이월세액부터 적용되는 것으로 보아야 합니다.