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6-4-1. 연구인력개발비 세액공제 (조특법 제10조)

취중생 2024. 5. 12. 08:14
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1. 연구인력개발비란

 

"연구개발"이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, "인력개발"이란 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말한다.

연구인력개발비 세액공제의 대상은 조특법 별표 6의 비용을 말하며, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

  1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
  2. 국가, 지방자치단체, 공공기관 및 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액
  3. 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동에 지출한 금액 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발에 지출한 것에 한정한다
  4. 다음의 경우에는 시행령 제9조 제16항에 의하여 규정된 시점부터 세액공제를 배제한다.(2020.02.11 신설)
    1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정이 취소된 경우.
    2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설 창작연구소 또는 기업 창작전담부서의 인정이 취소된 경우.

(1) 자체연구개발

 

기업자체 연구개발의 경우 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서가 필수이며, 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조 제2항에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업을 말한다.

  1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
  2. 「문화산업진흥기본법」 제17조의3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
  3. 「산업디자인진흥법」 제9조에 따른 산업디자인전문회사

 

(2) 위탁 및 공동연구개발

  • 연구소, 대학 등에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함)함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용.
  • 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발 등 기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다.

 

2. 공제세액 (2018 이후)

 

중소기업

  • 신성장동력(별표7) 및 원천기술(별표8)연구개발비 :
    당기 발생액 30% + 해당 과세연도의 매출액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율× 3배 (10% 한도)
  • 일반연구개발비(별표6) : 다음 중 선택
    • 당기발생액기준 : 당기 발생액 × 25%
    • 증가금액기준 : (당기발생액 - 직전과세연도 발생액) × 50%

 

중견기업

  • 신성장동력산업 (별표7) 및 원천기술(별표8) 연구개발비 :
    당기발생액 × 20% (코스닥상장중견기업 25%) + 해당 과세연도의 매출액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율 × 3배 (10% 한도)
  • 일반연구개발비 (별표6) : 다음 중 선택
    • 당기발생액기준:
      • 중견기업 1~3년차 : 당기발생액 × 15%
      • 중견기업 4~5년차 : 당기발생액 × 10%
      • 중견기업(그 외 ) : 당기발생액 × 8%
    • 증가금액기준 :( 당기발생액 - 직전 과세연도 발생액) × 40%

 

일반기업

  • 신성장동력산업 (별표7) 및 원천기술(별표8) 연구개발비 :
    당기발생액 × 20% + 해당 과세연도의 매출액에서 신성장동력·원천기술연구개발비가 차지하는 비율 × 3배 (10% 한도)
  • 일반연구개발비 (별표6) : 다음 중 선택
    • 당기발생액기준 : 해당 과세연도의 매출액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (당기발생액의 2%를 한도로 한다)
    • 증가금액기준 : (당기발생액 - 직전 과세연도 발생액) × 25%

 

■ 공제율 선택시 증가금액기준 적용 배제사유

  • 직전 4년간 연구개발비가 발생하지 아니하거나, 직전 과세연도에 발생한 연구개발비가 직전4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 증가금액 기준은 적용하지 않는다.
  • 직전 4년간 연구·인력개발비의 연평균 발생액 : 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액 /해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수/12
  • 내국법인의 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 최초로 발생한 경우에도 증가분 방식을 적용할 수 있다. ( 서면법령해석법인2020-1782 2021.03.05.)

■중견기업 (시행령 제9조 제4항)

중견기업이란 중소기업이 아니면서 아래의 업종을 제외한 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

  1. 주된 업종이 소비성서비스업 ( 호텔,여관등 숙박업과 주점업 및 오락,유흥업 )과 금융업보험업, 연금업 및 관련 서비스업
  2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령2조 제2항 제1호에 적합할 것
  3. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액 계산방법은 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제4항에 따른 계산방법과 같고, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5천억원 미만인 기업일 것

 

3. [별표 6] 연구 ·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 (제8조제1항 관련) 

 

연구개발

 

1. 자체연구개발

 

(1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 시행규칙7조1항에 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하게나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 시행규칙7조3항에서 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

  1. 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액
  2. 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금
  3. 「법인세법 시행령」 제44조의2제2항에 따른 퇴직연금 등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 제40조의2제1항제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

(2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)·서체·음원·이미지의 대여 또는 구입비.

(3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제25조의3제3항제2호가목에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용

2. 위탁 및 공동연구개발

 

(1) 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁 재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

  1. 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학
  2. 국공립연구기관
  3. 정부출연연구기관
  4. 국내외의 비영리법인 (비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)
  5. 「산업기술혁신 촉진법」 제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관
  6. 전담부서등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관
  7. 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구·개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업
  8. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단
  9. 한국표준산업분류표상 기술시험·검사 및 분석업을 영위하는 기업
  10. 산업디자인진흥법」 제4조제2항 각 호에 해당하는 기관
  11. 산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

(2) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

3. 해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액

 

 

4. 기술정보비(기술자문비를 포함한다또는 도입기술의 소화개량비로서 기획재정부령으로 정하는 것

 

 

5. 중소기업이 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 설립된 한국생산기술연구원과 산업기술혁신 촉진법」에 따라 설립된 전문생산기술연구소의 기술지도 또는 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술지도를 받고 지출한 비용

 

 

6. 중소기업에 대한 공업 및 상품디자인 개발지도를 위하여 지출한 비용

 

 

7. 중소기업이 특허 조사·분석을 위해 「발명진흥법」에 따라 지정된 산업재산권 진단기관에 지출한 비용 (2021.02.17 신설)

 

 

인력개발

 

1. 위탁훈련비(전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원에 한정)

  • 국내외의 전문연구기관 또는 대학에의 위탁교육훈련비
  • 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업훈련기관에 위탁훈련비
  • 「근로자직업능력 개발법」에 따라 고용노동부장관의 승인을 받아 위탁훈련하는 경우의 위탁훈련비
  • 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 기술연수를 받기 위하여 중소기업이 지출 한 비용
  • 그 밖에 자체기술능력향상을 목적으로 한 국내외 위탁훈련비로서 기획재정부령으로 정하는 것

 

2. 「근로자직업능력 개발법」 또는 「고용보험법」에 따른 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것

 

 

3. 중소기업에 대한 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것

 

 

4. 생산성향상을 위한 인력개발비로서 기획재정부령으로 정하는 비용

 

 

5. 기획재정부령으로 정하는 사내기술대학(대학원을 포함한다) 및 사내대학의 운영에 필요한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 것

 

 

6. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령」 제2조제1항제3호 및 제4호에 따른 학교 또는 산업수요 맞춤형 고등학교 등과의 계약을 통해 설치·운영되는 직업교육훈련과정 또는 학과 등의 운영비로 지출한 비용

 

 

7. 산업수요 맞춤형 고등학교 등과 기획재정부령으로 정하는 사전 취업계약 등을 체결한 후, 직업교육훈련을 받는 해당 산업수요 맞춤형 고등학교의 재학생에게 해당 훈련기간 중 지급한 훈련수당, 식비, 교재비 또는 실습재료비(생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것만 해당한다)

 

 

8. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제11조의3에 따라 현장실습산업체가 교육부장관이 정하는 표준화된 운영기준을 준수하는 현장실습을 실시하는 산업교육기관 등과 기획재정부령으로 정하는 사전 취업약정 등을 체결하고 해당 현장실습 종료 후 현장실습을 이수한 대학생을 채용한 경우 현장실습 기간 중 해당 대학생에게 같은 조 제3항에 따라 지급한 현장실습 지원비 (생산 또는 제조하는 물품의 제조원가 중 직접 재료비를 구성하지 않는 것만 해당한다) (2021.02.17 신설)

 


■ 연구원 중 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

  • 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
  • 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주-위에 해당하는 자(법인 포함)와 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호에 (기업집단 계열사등)해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

 

4. 연구전담부서 직원의 인건비

 

  • 조특법 규칙 제7조 제3항에서 연구업무에 종사하는 연구전담요원, 연구보조원의 인건비를 말하며, 인건비에는 퇴직금, 퇴직급여충당금전입액, 퇴직연금 불입액, 여비 교통비, 복리후생비, 외부에서 위탁받은 연구용역을 수행하는 연구원의 인건비를 제외한다.
  • 국민연금 사용자 부담금, 의료보험료를 포함한다.
  • 연월차수당, 이익처분성과급등 각종 성과급, 차액 보전형 주식매수선택권은 별표6. 1호 가목의 개정으로 2019년 귀속부터 가능한 것으로 보인다. ( 통칙9-8-1. 조심20161337 2016.12.16. 서면법규-752 2014.07.17.)
  • 청년추가고용장려금은 연구개발세액공제 배제대상 출연금에 해당하지 않는다(서면법인2020-4161 2021.05.13.)
  •  2019년 이후 조특령에 의한 별표6의 인건비에 퇴직연금이 제외되었으나 그 이전 (2018이전)의 확정기여형 퇴직연금 회사부담액은 세액공제대상 인건비에 해당한다는 판례가 계속 나오고 있습니다. 그러나 심판례는 아직 인정하지 않고 있으니 참고하시기 바랍니다.( 감심2018-915 2019.09.19 대법원 2017.5.30. 2016두63200 서울행법2018구합75467 2019.09.10.)( 조심2020서126 2020.02.12.)

 

5. 연구개발비 사전 심사제도

 

2020년 1월 1일부터 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해주는 제도를 시행한다.

연구인력개발비 세액공제를 적용받으려는 법인과 내국인은 법인세신고를 하기 전에 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사를 요청할 수 있다.

  • 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고가능하다.
  • 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며, 금액제한은 없다.
  • 법인세(소득세)과세표준 신고 전까지 신청이 가능하며, 법인세(소득세)신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한후신고 전까지 가능하다.
  • 심사받은 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외된다. 심사 이후 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도, 심사대상 연도에 대한 과소신고가산세는 면제된다.

 

6. 연구개발비 세액공제시 준비서류

 

해당 과세연도에 수행한 연구개발 과제별로 별지 제3호의2 서식에 따른 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트를 작성( 신성장 등이 아니 일반연구개발비의 경우에는 연구개발계획서 및 연구개발보고서만 작성한다)하고 해당 과세연도의 종료일로부터 5년 동안 보관하여야 한다

 

7. 예규 등 참고사항

 

▶기업부설연구소가 타법인으로부터 연구개발을 수탁받은 경우
법인이 타인으로부터 연구개발용역을 수탁받고 동 개발용역 수행을 위해 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비로 지출하는 비용은 조세특례제한법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없는 것임. ( 서면2팀-286:2005.02.14 법인 -268 2010.03.23 )

▶기업부설연구소가 있는 타법인에게 연구개발을 위탁한 경우
기존법인이 기업부설연구소 등록이 된 수탁법인에 연구개발용역을 위탁하는 경우, 기존법인이 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용은 「조세특례제한법 시행령」[별표 6]에 해당하여 연구·개발세액공제를 적용받을 수 있는 것이다. (서면법인2019-3055 2020.07.24)

▶신청서 및 명세서 미제출하는 경우

당해연도 연구개발비를 지출하였으나 납부할 법인세액이 없는 법인이 법인세 신고시 명세서를 제출하지 아니하거나 지연제출하는 경우에도 세액공제 및 이월공제 가능하다.

▶최저한세가 적용되는 세액공제와 최저한세가 적용되지 않는 세액공제가 같이 있을 경우

  • 연구인력개발비 세액공제의 경우 2003년 이전의 세액공제는 최저한세가 적용되었고, 중소기업인 경우 2004년 이후에는 최저한세가 적용되지 않는다.
  • 따라서 이월된 세액공제가 있는 경우 먼저 발생한 것부터 공제하되, 최저한세로 공제받지 못한 세액이 있을 경우 공제받지 못한 세액은 발생연도에 상관 없이 최저한세가 적용되지 않는 세액공제로서 공제를 받을 수 있다. 서면1팀-688 (서면2팀-906:2006.05.22)


▶타업무와 겸업하는 연구원의 인건비
연구원은 연구업무에만 종사하여야 하며 연구업무 외에 홍보·영업 등 행정 업무를 겸직하는 연구원에 대한 인건비 및 등록되지 않은 연구원의 인건비는 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다.

▶형식적인 기업부설연구소에 대한 세액공제 배제
기업부설연구소를 현장확인한 결과, 직원 및 설비가 없는 것으로 조사되었고, 청구법인의 조직도, 인사 관련 서류 및 경비 사용내역 등에서 쟁점 직원들이 타부서 소속인 것으로 확인되는 점, 청구법인의 기업부설연구소에서 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 연구개발 등이 수행되었고, 그 업무를 쟁점 직원들이 전담하였음을 입증할 수 있는 객관적 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 연구·인력개발비 세액공제를 배제하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음( 조심2016중3273 조심20163201 조심201632722016.10.28.)

 

▶ 세액공제의 대상이 되는 연구개발 위탁비용은 연구개발 자체의 위탁비용임
연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 연구개발 위탁비용은 연구개발 자체의 위탁비용이지 위탁한 연구개발의 성과물을 구입하는 비용은 아니라고 할 것임. 원고가 수탁업체에게 지급한 용역대금은 연구개발 자체에 대한 대가라기보다는 연구개발 용역업무의 수행에 따른 결과물에 대한 대가로 봄이 상당함 ( 부산지법2018구합24514 2020.10.16. )

 

8. 주의 사항

 

  • 다른 세액공제, 세액감면과 중복해서 공제 가능함.
  • 수도권 배제 규정이 없으며, 농어촌특별세 과세되지 않는다.
  • 중소기업의 연구인력개발비 세액공제는 최저한세가 적용되지 않는다.
  • 공제받지 못한 대부분의 세액공제는 5년간 이월공제되나, 창업초기(설립일로부터 5년이내)의 중소기업에 대하여는 연구인력개발비 세액공제가 10년간, 중소기업 투자세액공제는 7년간 이월공제된다.
  •  2021년이후 법인세 신고시 공제되지 않은 조특법상 세액공제는 10년간 이월공제된다.
    ☞결국 12월말 결산법인으로 5년 이월규정이 적용되는 세액공제는 부칙 제35조에서 2021.1.1.이후 과세표준을 신고하는 경우부터 적용한다라고 규정하고 있으므로 2015년 이후 사업연도에서 발생된 이후 2021.1. 현재 공제되지 아니한 세액으로 보아야 합니다.
  • 인력개발비 지출액을 국가로부터 전액 훈련지원금으로 수령하는 경우에는 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다. 정부로부터  출연받은 모든 연구개발출연금은 세액공제 대상금액에서 제외하여야  한다( 조특법시행령  제9조 제8항)
  • 국가로부터 연구개발 또는 인력개발이 아닌 목적으로 지급받은 지원금을 사용하여 지출하는 연구·인력개발비는 세액공제 배제 대상에 해당하지 않는다. (서면법령해석법인2020-3626(2021.01.07. )
  • 청년 및 장기재직자 내일채움공제는 인력개발비에 해당하여 연구인력개발비 세액공제대상에 해당한다.
    불입시점에 인건비(근로소득은 아니다)로서 손금산입하고 법인세 신고시 연구인력개발비에 해당하여 중소기업의 경우 전년대비 증가액의 50% 또는 당기 불입액의 25%가 세액공제된다. (근거 : 조특법 시행령 별표6. 2호 라목 인력개발 등의 비용에 해당한다)
    회사 불입금은 불입시점에 근로소득이 아니므로 근로소득으로 원천징수하지 않는다

 

■ 각종 이월공제 기간

구분 이월 공제 순서 적용 시점
조특법 세액공제 10년 당기분 포함 오래된 것부터 공제 2021.1.1. 현재 이월된 세액부터
기부금 공제 10년 2013년 이후 기부금부터
해외납부세액공제 10년 당기분 먼저 공제 2021년 신고시 공제되지 않은 세액부터
결손금 공제 15년 오래된 것부터 공제 2021년 이후 개시한 사업연도 발생분부터

조특법세액공제,해외납부세액공제 10년 이월규정은 12월말 결산법인으로 당초 5년 이월이 적용되는 경우 2015년 귀속연도의 이월세액부터 적용되는 것으로 보아야 합니다.(서면법인 2022-1779 2022.07.11 )

 

■  2013년 이전 발생되어 이월된 연구인력개발비 세액공제의 지방세에서 공제

2014년 지방세의 독립으로 법인세법에 의한 일체의 세액공제·감면이 법인지방소득세에서는 적용되지 않습니다. 그러나 지방세 개정전 2013년 이전에 발생되어 이월된 세액공제에 대하여는 경과조치등의 납세자 피해를 막기위한 규정이 없었습니다. 그러나 최근 법원판례는 “법인지방소득세에 대하여 향후 세액공제 및 세액감면을 배제하려는 것이었다고 하더라도 이는 지방세법 개정 이후에 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하고자 하는 취지를 넘어서서 이미 원인관계가 완료되어 신뢰가 형성된 납세의무자의 신뢰이익까지 배제하겠다는 명시적인 의사를 포함하고 있다고 단정할 수 없다라고 하였습니다.(수원고등법원 2019누13158 2020. 6. 10.) ) (서울고등법원 2019누67823 2020. 9. 11.) 외

☞2013년 이전 각종 세액공제는 이월공제기간 5년이 적용되었습니다. 그러나 2014년 이후 지방세에서는 세액공제감면이 삭제되고 기존 이월된 세액공제에 대한 경과규정이 없으므로 이에 대한 납세자의 불이익을 보호해야된다는 판례입니다. 따라서 추후 대법원 판결을 확인할 필요가 있으며, 납세자 승소판결 확정시 경정청구등의 조치가 있을 것으로 보입니다

 

■   대법원 판례 : 이월공제(연구비) 효과의 법인지방소득세 적용 여부

이 사건에는 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014, 2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없음 (납세자 패소. 파기 환송)( 대법202050393 2023.11.30. )