5-7. 공제되지 않는 매입세액

다음 각호의 매입세액은 거래상대방 또는 세관장이 부가가치세를 거래 징수한 사실이 세금계산서 등에 의하여 입증되더라도 그 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 세금계산서 합계표 등의 미교부, 미제출, 부실기재
2. 사업과 직접 관련 없는 매입세액
3. 비영업용 소형승용차의 구입과 유지에 관련된 매입세액
4. 접대비등의 지출에 관련된 매입세액
5. 면세사업 및 토지 관련 매입세액
6. 사업자등록 전 매입세액

 

1. 세금계산서 합계표 등의 미교부, 미제출, 부실 기재.

 

다음의 경우에는 매입세액으로 공제되지 않는다.

• 매입처별 세금계산서 합계표, 신용카드매출전표 수취명세서를 제출하지 아니하거나,
• 제출한 매입처별 세금계산서 합계표 등의 기재사항 중 필수적기재사항(거래처별 등록번호와 성명, 공급받는자 사업자등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나,
• 그 내용이 사실과 다르게 기재된 경우

 

(1) 제출하지 아니하였거나 부실기재이어도 공제되는 경우 (시행령 제74조)

 

• 매입세금계산서합계표 및 신용카드매출전표수취명세서를 예정신고 때 제출하지 못하였으나 확정신고 때 제출한 경우(가산세 없음)
• 미제출한 매입세금계산서합계표 등을 과세표준 수정신고, 경정청구서와 함께 제출한 경우(가산세 없음)
• 부가가치세 경정조사시 세금계산서 등을 경정기관의 확인을 거쳐 제출한 경우(매입세금계산서 불성실가산세 0.5% 해당 )
• 무신고하였으나 국세기본법 시행령 제25조 규정에 따른 기한후 과세표준신고서와 함께 매입세금계산서합계표를 제출한 경우 (가산세 없음)
• 세무사 사무소에서 매입세금계산서 합계표 제출시 착오로 잘못 기재하였으나 세금계산서를 통하여 그 거래사실이 확인되는 경우( 매입세금계산서합계표관련 가산세는 없으나 신고·납부불성실가산세 해당)
• 매입세금계산서합계표상 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에 매입세액으로 공제된다. ( 매입세금계산서합계표관련 가산세는 없으나 신고·납부불성실가산세 해당)

 

매입세금계산서 미제출과 가산세

• 매출세금계산서와 달리 매입세금계산서는 미제출하더라도 부가가치세법상 매입세금계산서 합계표불성실가산세가 부과되지 않으며 경정청구, 수정신고, 무신고자의 경우 기한후신고를 통하여 매입세액을 공제할 수 있다. • 다만 세무서 조사시 즉 경정결정시 제출되어 공제되는 경우와 매입취소로 인하여 負(-)의 매입세금계산서를 받은 경우 이는 세액을 납부하여야 하는 경우이므로 매입세금계산서불성실가산세가 적용된다. • 그러나 매입세금계산서는 부가세법상 가산세는 해당없지만 다음연도 2월 10일까지 제출되어야 하며 미제출시 면세사업자는 법인세,소득세법 규정에 의해 보고불성실가산세(0.5%) 적용되고, 계산서는 매출과 매입 포함하여 과세 · 면세사업자 구분없이 보고불성실가산세(0.5%) 해당된다. (소규모사업자는 예외이다) • 부가가치세 신고시 착오로 이중으로 매입을 입력한다든지 금액을 오류로 입력을 한 경우에도 그것이 업무상 착오이면 매입세금계산서불성실가산세는 해당이 없다. 그러나 이 경우에도 신고 · 납부불성실가산세는 해당된다.

 

 

(2) 명의 위장사업자와의 거래

• 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장 사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 조세범처벌법에 의한 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니한다. ( 통칙 21-0-1)
• 명의위장사업자에 대한 선의의 피해자에 해당함에 있어서 입증책임은 납세자에게 있으므로 건물신축 등에 있어서 선의의 피해자임을 입증하기 위한 자료는 계약당시의 사업자등록증명원 법인등기부등본, 그리고 대가의 지급시 공급자 명의의 계좌입금 등의 증거 서류가 필요한 것으로 보입니다.

 

(3) 명의위장사업자의 매입(실제 사업자로 경정결정시 매입세액공제 여부)

• 사업자가 타인 (배우자, 피상속인 제외)의 명의로 사업자등록을 하고 부가가치세를 신고·납부하여 경정하는 경우 그 타인명의로 발급받은 세금계산서의 매입세액은 사업자의 매출세액에서 공제하며, 이 경우 명의위장등록가산세(1%)는 적용한다.
  (기본통칙 60-108-1)
• 명의위장등록가산세는 부정과소신고 가산세에 해당하는 경우에도 기본법에 의한 가산세가 아니므로 10년 부과제척기간이 아니고 5년을 적용하여야하며, '공급받는 자의 성명 또는 명칭'이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액 공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없다.
  (대법 2016두62726 2019.08.30.)

 

 

(4) 사실과 다른 세금계산서이어도 공제할 수 있는 경우

• 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
  (예:사업자등록증은 발급되었으나, 사업개시일이 미도래하여 사업자등록번호 대신 주민등록번호 기재분으로 발급받은 것은 착오 기재한 것으로 보이는 바, 부가령 제60조 2항2호에 의하여 매입세액공제 가능하다. 조심2012구2204, 2012. 7. 5.)
• 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한 이내에 발급받은 경우.
  특례세금계산서는 6월, 12월의 경우 과세기간 경과 10일 내에 발급받은 경우를 포함한다(이 경우 공급자는 1% 또는 2%의 지연 또는 미발급가산세 해당되며 공급받은자는 지연수취가산세 0.5%가 적용된다)
• 법 제16조 제2항에 따라 교부받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우
• 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우
  (법인등 전자세금계산서 의무발급자가 종이세금계산서를 발급한 경우, 매출자의 경우 전자세금계산서 미발급가산세 1%에 해당되나, 매입자는 매입세액 공제되며 가산세 없다)

 

(5) 사업자가 당초 주민등록기재분 세금계산서를 받은 후 사업자등록번호로 수정세금계산서를 발급받은 경우 매입세액공제 여부

• 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화를 구입하면서 주민등록번호를 기재한 세금계산서를 교부받은 경우 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것이나, 주민등록번호를 사업자등록번호로 수정한 세금계산서를 교부받아 매입처별세금계산서를 제출하거나 경정청구한 경우에는 동 매입세액을 공제할 수 있음.(부가 46015-2135:1999.07.26.)
• 한국전력으로부터 전기를 공급받으면서 대표자의 주민등록번호로 세금계산서를 발급받고 있었는데 그동안 주민등록번호로 잘못 발급받은 것을 확인하고 2015.1.20.에 한국전력에 요청하여 사업자등록번호로 수정하여 세금계산서를 발급받은 경우에, 사업자로 등록을 한 자가 세금계산서상 공급받는 자의 등록번호를 착오로 대표자 주민등록번호로 발급받은 사실을 확인한 후 과세표준 및 세액이 경정될 것을 미리 알지 못한 상태에서 사업자등록번호로 수정하여 발급받은 경우에는 매입세액공제가 가능한 것임
• (사전법령해석부가2015-22453 2015.02.27.)
  ( 위의 경우 공급자는 사실과 다른 세금계산서를 발행한 것이므로 세금계산서부실기재가산세- 공급가액의 1%-가 해당되며 세무서의 경정조사전에 주민등록기재분을 사업자등록번호로 수정 기재하여 수정세금계산서를 발행한 경우에는 물론 가산세가 해당되지 않는다)

 

(6) 플랫폼운영사업자(수탁자)가 자기를 공급자로 하여 발행한 신용카드전표에 의하여 발급받은 사업자가 매입세액공제를 받을 수 있는지 ?

 

온라인 중개플랫폼을 운영하는 사업자 (수탁자)가 실제판매자 (위탁자)의 재화를 판매하는 형태로 수탁자가 재화를 인도하고 위탁자가 아닌 수탁자 명의로 부가가치세가 구분기재된 신용카드매출전표를 발급하는 경우 해당 신용카드전표를 발급받은 사업자는 매입세액을 공제받을 수 없는 것임 ( 서면법규부가 2022-1413 2022.10.13. )

 

(7) 이미 확정된 관련 형사판결( 조세범처벌법 위반 )에서 인정된 사실은 행정소송 (가공매입 여부) 또는 심판청구에서도 사실 인정의 유력한 자료가 됨.

 

• 세금부과처분 취소소송에서 형사재판에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 이미 확정된 관련 형사판결에서 인정된 사실은 이를 채용할 수 없는 특별한 사정이 나타나지 않는한 사실 인정의 유력한 자료에 해당한다
  (부산지법2022구합20755 2023.02.10.)
• 청구인에게 쟁점거래에 대한 세금계산서를 발급한 거래처 대표가 허위세금계산서 발급혐의로 법원에서 유죄로 확정된 점등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
  (조심2022부7693 2023.02.16.)
• 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적용하여 부가가치세 및 법인세 등을 부과한 처분하였으나 형사판결 (조세범처벌법 위반)에서 무죄를 선고한 거래부분에 대하여는 부과제척기간 10년을 적용하기 어려움
  (조심2018부4294 2023.01.10)

 

◈ 자료상과의 거래에 대한 판례

납세자 주장이 인용된 경우

1. 자료상으로 확정된 사업자로부터 쟁점 세금계산서를 수취한 것이 아니고, 장부의 보존기간이 경과하였음에도 처분청에서 실거래여부에 대한 조사없이 가공세금계산서로 보아 과세함은 부당하다 (국심 2007 중377 : 2007.09.04 ) 2. 일반적인 상거래관행이나 거래처의 품목과 수량, 거래일시 등의 확인결과 실물거래한 사실이 확인됨에도 거래처가 자료상이라는 사유만으로 실지거래 여부의 확인조사없이 실물거래가 없는 가공거래로 본 처분은 부당함  ( 국심 20042367 2004.11.02. 국심2004중1850 2004.10.7.) 3. 자료상 혐의자로 통보함에 따른 것이고 자료 소명을 요구한 시점이 자료와 증빙자료의 보관기간이 이미 경과되어 입증책임을 부담시키기 어려우므로 가공거래라고 단정할 수 없는 것임  (국심 20064069:2007.04.27) 4. 특정거래가 실질적인 재화의 인도 없이 명목상의 거래라는 이유로 매입세액 공제되지 않는 사실과 다른 세금계산서라는 입증 책임은 과세관청에게 있다 (대법원2008두9218 2008. 12.11 대법원 200816476 2008.12.11. 등 다수)

 

납세자 주장이 인용되지 않은 경우

1. 자료상으로 확정·고발된 쟁점거래처와 실지거래를 하고, 그 대금을 현금이나 무통장입금으로 지급하였다는 청구주장은 신빙성이 없어 보일 뿐만 아니라, 그 외 실지거래사실을 확인할 수 있는 거래증빙의 제시가 없는 경우 이를 인정할 수 없다 (국심20041357 2004.06.23) 2. 청구법인이 ○○에게 송금한 금액 대부분이 청구법인의 예금계좌에 재입금된 경우라 하여 청구법인이 ○○으로부터 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입한 처분  (국심 200775130 2008.10.01. ) 3. 재료를 매입한 것에 대하여 그 대금지급의 근거가 되는 금융자료가 없는 대신 부가가치세 상당액만 금융자료로 확인되는 것으로 보아 통상적인 자료상거래로 보는 것이 타당함 (감심 2008-107 2008.04.10) 4. 청구법인이 쟁점거래처에 무통장 입금한 사실은 확인되나, 청구법인이 쟁점거래처의 대표자 명의의 통장으로 매입대금을 입금한 후 입금한 날과 그 다음날에 전액 출금된 사실이 확인되고, 상당의 매출세금계산서를 실물거래 없이 가공으로 발행하였다고 진술한 사실이 확인되므로 인정할 수 없음  (국심 2007중3431 2007.11.27.) 5. 상대방 거래처가 실제 사업장이 없었음이 조사종결복명서에 의하여 확인되고, 대금을 지급하였다고 제시하는 은행거래내역은 입금 즉시 출금되는 등 정상적인 대금결제로 볼 수 없음 ( 국심 2004151 2004.04.29.) 6. 거래처가 자료상으로 확인되었고 쟁점 세금계산서가 실물 거래가 있었다는 객관적인 증빙이나 정황이 확인되지 않고 있으며 이 건 거래가 실물거래임을 증명할 수 있는 금융거래증빙 등이 없는 것으로 보아 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분임 (국심 200372185 2003.10.14).

 

공급시기를 달리한 세금계산서 매입세액공제 여부

▶공급시기보다 늦게 발행한 <후발행 세금계산서> • 수정세금계산서: 발행할 수 없음 • 공급시기와 작성시기가 동일한 과세기간이면 공제 가능하나 동일한 과세기간이 아니면 매입세액이 공제되지 아니하며 이 경우 매입세금계산서불성실가산세가 적용된다. ▶공급시기 이전 미리 발행한 <선발행 세금계산서> • 수정세금계산서: 발행할 수 없음 • 세금계산서 발행후 1주일 이내, 또는 30일 이내의 대가지급은 선발행세금계산서를 인정하고 있으므로 매입세액공제가 가능함. • 위의 경우 외에는 선발생세금계산서는 원칙적으로 선발행세금계산서를 인정하지 않으므로 매입세액공제가 불가하며 매입세금계산서불성실가산세가 해당된다. 그러나 선발행세금계산서와 실제 대금지급시기가 동일과세기간이라면 즉, 발급일자와 공급일자가 동일과세기간이라면 매입세액을 공제할 수 있다. 또한 과세기간이 다른 경우 수정세금계산서는 교부할 수 없으나 다가오는 공급시기에 다시 세금계산서 발행하면 공제가 가능하다. (서면3팀-1361:2006.07.06)

 

공급시기가 속한 과세기간 이후에 작성·교부된 세금계산서 매입세액공제

공급일자     2011.3.23. 작성교부일 2011.7.25. 매입세액의 공제가 부인되는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성연월일이 사실과 다르게 기재된 경우라 함은 • 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, • 그러한 경우에도 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 • 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만 • 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 할 것이다. 그 이유는 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 • 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 • 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, • 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이라 할 것이므로, • 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 • 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 매입세액공제가 되지 않는다. ( 조심2012중672 2012.03.29.외 다수)

 

교부시기와 관련된 예규

▶교부시기 이후에 교부받은 세금계산서(동일 과세기간 내) - 시행령 제60조 제2항 세금계산서는 재화용역의 공급시기 또는 합계세금계산서의 경우 매월 말일이나 거래관행상 정하여진 기간의 종료일을 발행일자로 하여 그 다음달 10일까지 교부하여 한다. 교부시기가 지났으나 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액으로 공제되나 가산세는 적용된다. ▶교부시기 이후에 교부받은 세금계산서(동일 과세기간 외) (국심99경 811 99. 12.30) (7146015-1752 95.9. 26) • 세금계산서는 공급시기에 교부하도록 정하고 있으므로 공급시기에 교부받지 아니하고 과세기간을 달리하는 시기에 작성일자만 공급시기로 소급하여 작성된 세금계산서의 경우 매입세액 공제되지 않는다. • 또한 정당하게 교부받지 않은 세금계산서의 경우 수정신고대상도 아니다. ▶공급가액이 실제거래가액보다 과다하게 기재된 경우 (7146015-1708 98.7.28) 교부받은 세금계산서의 공급가액이 실제적인 공급가액보다 과다하게 기재된 경우 당해 과다하게 기재된 부분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며 이 경우 부가가치세법상 가산세가 적용되는 것임 ▶중간지급조건부 거래를 총금액을 기준으로 세금계산서를 발행받은 경우 (부가22601-697 91.6.5.) 중간지급조건부, 또는 완성도 기준지급의 경우 대가의 각 부분을 받기로 한때 각각 세금계산서를 발행하여야 하나, 총거래금액을 한 장으로 하여 잔금지급시 매입세금계산서를 발행 받았다면 계약금, 중도금에 대해서는 공제할 수 없는 것이나 이 경우에도 계약금, 중도금이 잔금과 동일한 과세기간 내라면 매입세액공제가 가능하다. ▶휴업중 교부받은 세금계산서의 매입세액(해석편람 17-1-25) 휴업신고기간중 재화나 용역을 공급하기 위하여 재화나 용역을 공급받고 교부받은 매입세금계산서는 매입세액공제가 된다. (휴업기간중 월세. 전력비등) ▶사업자등록을 정정하지 않은 경우 매입세액공제(해석편람 17-4-1) 사업자등록 정정사유가 발생하였음에도 정정하지 아니하고 세금계산서를 교부받은 경우에도 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되면 매입세액을 공제할 수 있다. ▶사업자등록을 직권말소된 경우 매입세액공제(746015-216 1998. 9. 24) 폐업자가 발행한 세금계산서는 매입세액을 공제할 수 없으나, 직권말소 사유의 착오로 당초의 직권말소를 취소한 경우에는 매입세액을 공제할 수 있는 것임. ▶공급자가 거래후 폐업, 행방불명된 경우(부가 1265-1219 81.5.14) 당초 정당하게 세금계산서를 교부받았으나, 교부한 사업자가 교부일 이후 행방불명되었거나, 폐업한 경우 매입세액공제를 할 수 있음 ▶ 유료도로 통행료에 대한 세금계산서와 매입세액 공제(서삼46015-11350 2003.8.23) 유료도로 운영사업자는 통행료에 대해서 세금계산서 교부할 수 없으나 공급받는자로부터 세금계산서를 요구받거나, 약정에 의해서 월합계세금계산서를 교부할 수 있다. 따라서 소형승용차의 유지비가 아닌 화물차 및 국민차의 통행료인 경우에는 매입세액공제가 가능하다. (신용카드 포함) (서삼46015-11350 2003. 8. 23) (서면3팀-1553 2005, 9. 16.) ( 한국도로공사는 면세되는 도로운송용역을 제공함.)

 

2. 비영업용 승용차의 구입·유지·임차에 관련된 매입세액

 

 

(1) 개별소비세 과세대상 승용자동차(개별소비세법 제1조 제2항 제3호 )  

 

• 승용자동차( 8인승 이하)로서 개별소비세가 과세대상인 경우의 자동차를 말한다. 따라서 개별소비세가 과세되지 않는 다음의 자동차는 매입세액 공제가 가능하다.

• 배기량 1000CC미만의 국민차인 마티즈, 모닝, 비스토, 레이등
• 배기량 125CC이하의 이륜자동차
• 승합자동차(탑승 인원 9인승 이상)
• 화물승합차에 해당하는 라보, 다마스 등

• 비영업용을 말하므로 승용차가 영업용 자산에 해당하는 시행령 제19조에 의한 운수업, 자동차 판매업, 자동차임대업, 운전학원업, 무인경비업의 출동차량, 자동차 판매업의 시승용 승용차, 기타 이와 유사한 업종은 매입세액 공제가 가능하다.

 

 

(2) 구입 · 유지 · 임차비용이다

• 구입가액, 수선비, 소모품비, 유류비, 주차료, 렌트(임차)비용, 리스료, 대리운전용역.
• 국민차에 관련된 구입, 유지와 관련된 매입세액은 공제되므로 국민차에 대한 유류비,수선비, 소모품비 등은 매입세액 공제대상이다

 

3. 접대비 등의 지출에 관련된 매입세액

• 접대비 및 이와 유사한 비용인 교제비, 기밀비, 사례금 등의 관련 매입세액은 공제할 수 없다.
• 그러나 특정인이 아닌 일반 대중을 위한 광고선전비, 종업원을 위한 복리후생비 관련 매입세액은 공제할 수 있다.

예 : 골프회원권, 콘도 회원권을 취득하고 매입세금계산서를 교부받은 경우 그 회원권의 사용실태를 고려하여 접대를 위한 경우에는 매입세액 불공제한다. 하지만 종사직원의 복리 후생을 위한 것이면 매입세액 공제 대상이 된다.

예 : 광고선전 목적으로 자기의 상호, 로고 등이 표시된 간판과 실내장식을 대리점에 제공하고 당해 사업자의 자산으로 계상한 경우에는 접대비가 아니라 광고선전용품이므로 매입세액공제가 가능하다.

(부가46015-1393 98. 6. 25)

 

■ 대리점 인테리어 시설비 지원이 접대비에 해당하는지 ?
법인 고유의 독특한 통일된 형태의 시설을 설치하게 하고 그에 대한 일정액의 시설비를 대리점에 지원하였다면 불특정다수의 소비자을 상대로 광고선전한 것으로 볼 수 있어 매입세액을 공제함이 타당함 ( 조심2009서3232 2009.11.30. )

 

■  LPG충전소 사업자가 개인택시기사에게 제공한 네비게이션 등 구입비용은 접대비가 아니라 판매부대비용임

(   대구지법2012구합2704    2013.01.16. )

■  청구법인이 제공한 것은 주로 언더코팅ㆍ유리막코팅ㆍ썬팅 시공ㆍ블랙박스ㆍ하이패스 제공 등으로, 이는 판매촉진 목적 또는 자동차 구매에 대한 감사의 의미로 고객에게 자동차용품을 제공한 것으로 접대비가 아닌 판매부대비용 성격의 비용임 ( 조심2016서4198 2017.06.19 )

 

4. 면세사업 및 토지관련 매입세액

• 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액은 공제하지 않는다.
• 공장부지 조성 등 토지를 위한 자본적 지출에 해당하는 형질변경, 부지정지 작업, 진입로 포장 등의 매입비용은 토지 자체의 가치를 증가시키며 토지의 공급이 면세이므로 매입세액은 공제할 수 없다.
• 토지 관련 매입세액의 범위 (시행령 제80조)
  • 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
  • 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액( 취득이 아닌 기존 사업용 건물의 철거비는 건물에 대한 자본적 지출이므로 매입세액은 공제된다.)
  • 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
  • 토지취득을 위한 중개수수료, 토지취득을 위한 대출을 위해 지급한 금융자문수수료

 

공장설립승인 허가를 위한 용역의 매입세액 공제 여부

사업자가 공장설립승인 허가를 위한 제반용역을 제공받기로 하고 제공받은 용역이 도시계획관련 용역수행계약, 토지측량용역 및 토목설계용역 등인 경우에는 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임. (부가-1127 2013.12.08.)

 

토지소유자가 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위하여 지출한 자본적지출

토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 토지소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미하며, 당해 토지의 소유자가 아닌 사업자가 토지 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 매입세액불공제 대상인 토지 관련 매입세액에 해당하지 않음 (심사부가2022-29, 2022.08.17)

 

인허가 조건으로 진입도로 개설하여 지방자치단체에 무상귀속시킨 경우

사업자가 과세사업을 하기 위한 사업계획 승인 또는 인·허가 조건으로 사업장 인근에 진입도로를 건설하여 지방자치단체에 무상으로 귀속시킨 경우 진입도로 건설비용 관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임(부가-480 2013.05.31.)

 

철거 예정 건축물을 취득하고 상당기간 부동산임대업에 실제 공하는 경우

• 철거 예정건축물을 취득하고 부동산개발사업 절차가 확정될 때까지 상당기간이 소요되어 그 기간까지 부동산임대에 사용하면서 실제 임대차계약내용대로 임대업에 공하는 경우, 당해 건축물을 취득하면서 지출한 매입세액에 대해서는 공제할 수 있는 것이나, 이는 사실 판단하여야 할 사항임 (부가-313 2013.04.09) • 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거한 경우 철거한 건축물의 취득 및 철거비용이 '토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’로서 시행령 제80조 제2호에 따라 매입세액 불공제 요건을 충족하기 위해서는 사업자가 당초부터 건축물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 토지와 그 지상 건축물을 매수한 후, 그 지상 건축물을 사업상 용도로 사용하지 않은 채 곧 철거하는 경우에 해당하여야 한다고 봄이 상당하다(서울행법2016구합68649 2017.03.24.) • 사업자가 부동산 개발을 위하여 철거예정의 건물을 취득하고 그 부동산 개발사업 절차가 확정될 때까지 상당기간(부가가치세 3과세기간)이 소요되어 그 기간까지 부동산임대업에 사용하면서 실제 임대차계약 내용대로 임대업에 공하는 경우, 쟁점 매입세액은 토지에 대한 자본적지출이 아니고 자기사업을 위하여 사용된 재화의 공급에 관련된 세액에 해당한다. (조심20160341 2016.5.19.)

 

과세사업에 사용하던 구건물을 철거하고 신축하는 경우 철거비용

•과세사업에 사용하던 기존 노후건물을 철거하고 신축하는 경우 당해 철거비용 관련매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것임 (서면3팀-2528 2007.09.06) • 사업자가 과세사업에 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 해당 건축물을 과세사업에 사용하다가 철거하는 경우, 철거한 건축물의 취득가액과 관련된 매입세액은 신축예정건물의 자본적 지출에 해당하므로 토지와 관련된 매입세액에 해당하지 않는다. 즉 토지에 대한 자본적 지출이 아니므로 매입세액공제대상이 된다 (기획재정부부가-610 2018.10.1.) (서면법령해석부가2019-2319 법령해석-659 2020.03.03) ☞  건물을 신축하기 위하여 기존에 부가세 과세사업에 사용중이던 건물을 철거하는 경우, 기존 건물 잔존가액과 철거비는 신축하는 건물의 자본적 지출이 되므로 철거비등은 매입 세액공제 되나, 신규로 과세사업에 사용할 건물신축을 목적으로 구입 즉시 건물을 철거하고 철거용역비가 지출되는 경우, 구입한 건물가액, 중개수수료, 철거비는 토지에 대한 자본적지출이므로 건물가액, 중개수수료, 철거비의 부가세 또한 매입세액 공제되지 않고 토지에 대한 자본적 지출로 처리하여야 합니다

 

금융자문 (PF) 수수료의 토지의 취득과 관련된 비용 해당여부

•금융기관으로부터 대출을 받기 위한 목적으로 지급된 금융(PF대출)자문수수료, 법률자문수수료 등이 부가가치세 과세 또는 면세거래와 관련이 있는지 여부는 그러한 자문용역의 결과로 조달되는 자금의 사용용도에 따라 정해진다 할 것인바, 청구법인은 쟁점사업을 위한 차입금 중 일정금액이 사업부지(쟁점토지) 취득에 사용된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 토지 관련 매입세액에 해당한다  (조심2017 중3857 2017.11.16. ) • 쟁점사업을 위한 차입금 중 **억원이 사업부지 취득에 사용된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점수수료에 대한 매입세액 중 일부는 공통매입세액에 해당한다(조심2015서 3824 2015.12.16.)

 

 

사례-토지에 관련 매입세액(매입세액 불공제)

1. 토지만을 사용할 목적 또는 아파트나 상가건물을 신축할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 건축물을 철거한 경우 건축물 취득가액과 철거비용은 토지에 대한 자본적 지출이며 매입세액은 공제할 수 없다. 2. 그러나 철거예정건물을 취득하고 개발에 상당기간이 소요되어 그 기간까지 부동산임대업을 하면서 실제 임대차계약내용대로 임대업에 공하는 경우 당해 건축물을 취득하면서 지출한 매입세액에 대해서는 공제할 수 있는 것이며, 이는 사실 판단하여야 할 사항임(부가313 2013. 4. 9) 3. 건물신축을 위한 경사지의 옹벽설치를 위한 토사제거, 정지공사(부가 46015-109 1998. 1. 19) 4. 토지의 형질변경, 택지조성, 공장부지 정지공사 5. 일반적인 토지의 유용성 증진을 위한 진입로 등 도로의 개설비용 진입도로가 아니라, 사업자가 과세사업을 위하여 사회기반시설을 신축하여 지방자치단체에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 얻은 경우에, 도로 등 해당 기반시설 관련 매입세액은 공제할 수 있다.  (조심2015중5435 2016.04.18 ) 6. 골프장 신설시 코스조성 배수로 조경공사비 7. 토지구입 관련 자문료, 소송관련비용, 건물신축을 위한 토지측량비

 

사례- 토지 관련 매입세액이 아님(매입세액 공제)

1. 공장구내의 토지에 포장공사를 하는 경우 동 공사비용은 토지의 자본적 지출이 아니라 구축물 등에 해당하는 감가상각대상자산이므로 매입세액 공제대상임 (부가46015-1857, 1994, 9, 12. ) 2. 건물에 대한 자본적 지출로 볼 수 있는 지하실 터파기, 굴삭작업, 흙막이 공사, 철근빔 공사 등은 매입세액공제 대상임 3. 주차장운영을 위한 토지 위에 콘크리트 포장공사를 하는 경우  (부가46015-423 96. 3. 4 ) 4. 과세사업인 공장건물을 신축하면서 당해 건물 주변에 조경공사를 하여 정원을 만든 경우 조경공사 관련 매입세액은 공제대상임(부가46015- 1855 2000. 7. 29 ) 5. 과세사업을 영위하기 위하여 사업장을 신설하면서 국가 등의 소유토지에 진입도로를 개설, 포장하여 기부채납한 경우 진입도로 공사비용은 토지에 대한 자본적 지출이 아니므로 매입세액 공제 가능함 (부가46015-1855 2000. 7. 29) 6. 사업자가 과세사업을 위하여 사회기반시설을 신축하여 지방자치단체에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 얻은 경우 도로 등 해당 기반시설 관련 매입세액은 공제할 수 있다 (조심2015중5435 2016.04.18 )

 

 

5. 등록전 매입세액

 

• 사업자등록 신청하기 전의 매입세액은 공제, 환급되지 않는다.
• 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간(신규사업자의 경우 최초 과세기간은 사업개시일, 사업개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우는 사업자등록 신청일부터 그 날이 속하는 과세기간 종료일까지) 개시일(1.1. 또는 7.1.)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.
• 등록전 매입세액은 계약시점이나 대금지급시점 세금계산서 교부시점이 아니라 부가가치세법상의 공급시기를 기준으로 과세기간 경과 후 20일 이내를 계산하여야 하며, 사업자등록신청은 사업자등록 신청접수일 기준이며 사업자등록증 발급일 기준이 아니다.

• 개정된 세법에 의하면 공급시기 2016. 6. 1 매입세금계산서를 주민등록기재분으로 받은 경우, 사업자등록신청을 2016. 1기 과세기간 경과 후 20일 이내인 2016. 7. 20.까지 신청하면 매입세액공제, 환급이 가능하다. • 이때 세금계산서 작성일이 사업자등록증 발급일 이전이면 주민등록번호로, 발급일 이후에는 사업자등록번호로 기재되어야 한다.

 

▶ 사업자등록신청일 전의 세금계산서에 사업자등록번호가 기재되었더라도 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 않는다.

• 거래사실이 확인되고 법정 신고기한 내에 신고된 쟁점세금계산서상의 기재내용 중 일부가 사실과 다르다 하여 매입세액 불공제하여 과세한 이건 처분은 위와 같은 부가가치세법의 취지에 부합하지 않아 타당하지 않은 것으로 판단된다 ( 조심2009 전3221 2010. 8. 2.등)
• 사업자등록증 발급일 이후에 주민등록번호가 적힌 매입세금계산서를 발급받은 경우 관련 매입세액은 공제대상이 아니다 (조심2015전4021 2016.08.24.)

 

▶ 사업확장 목적으로 신규사업장을 건설하는 경우 매입세액공제 방법

• 법인이 사업 확장목적으로 부동산을 취득하고 동 부동산에 대한 수리 등을 하는 경우에, 당해 신설사업장 취득 및 수리와 관련된 매입세금계산서를 본점 명의로 교부받아 당해 매입세액을 본점의 매출세액에서 공제할 수 있는 것이나,
• 당해 신설사업장에서 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는, 신설사업장 명의로 사업자등록을 하고 신설사업장 명의의 세금계산서를 교부하여야 하는 것임 (부가-1228 2011.10.10.)

 

▶ 면세사업자 번호로 부여받은 세금계산서에 대해 과세,면세 겸업자로 정정신고한 경우

면세사업자가 과세사업을 위하여 과세,면세겸업자로 과세기간 종료일로부터 20일 이내에 사업자등록정정 신고한 경우, 면세사업자번호로 교부 받은 매입세액은 공제가능하다. (법령해석 부가-0320 2016. 7.28)