5-3. 농·축·수산물 등 의제매입세액공제

사업자(간이과세자 포함)가 부가가치세의 면세로 공급받은 농·축·수·임산물을 원재료로 하여 제조 · 가공한 재화 또는 용역의 공급이 과세되는 경우에는 다음과 같이 일정한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.(법 제42조 령 제84조)

 

1. 연도별 의제매입세액 공제율

 

의제매입세액의 공제율은 수차례 변동되었는데, 현재 적용되는 공제율을 알아보자.

구분	현행(2022) 적용대상자	공제율
음식점외	• 제조업(중소기업)	4/104
	• 간이과세적용  개인제조업(과자점업, 도정업, 제분업, 떡방앗간)	6/106
	• 기타	2/102
음식점	• 개인	8/108(과표 2억 이하는 9/109)
	• 법인	6/106
	• 유흥주점	2/102

☞개인음식점업자 중 과세표준 2억원(과세기간별 공급가액. 신규사업자의 환산은 없음)이하인 자의 공제율을  9/109로 2023년까지 상향 조정하여 적용한다.

 

☞유흥장소는 개별소비세법 제1조 제4항에 따른 유흥장소를 말하며 개별소비세 과세유무에 관계없이 유흥주점, 외국인전용유흥음식점 등으로 허가받은 경우를 말한다(기획재정부부가 -526:2010.07.30 )

 

☞중소기업여부는 당해연도의 매출액을 기준으로 판단하므로 중소기업여부가 확인되지 않은 1기 신고의 경우에는 연간환산매출액으로 중소기업 여부를 판정하고 그 후 연간매출액이 확정되는 과세기간에 정산한다.

 

2. 의제매입세액한도(각 과세기간별 적용)

 

구분	과세표준	공제한도(2022년부터 적용)
		음식점	그 외 업종
개인	2억원초과	60%	55%
	1억원초과	70%	65%
	1억원이하	75%
법인		50%

• 1역년의 면세농산물 등의 매입가액 중 제1기 과세기간의 면세농산물 등의 매입가액이 차지하는 비중이 75% 이상이거나 25% 미만인 제조업에 한하여, 제2기 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때, 1역년에 공급받은 면세농산물등의 가액에 공제율을 곱한 금액에서 제1기 과세기간에 의제매입세액으로 공제받은 금액을 차감한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다.
• 이 경우 1역년의 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 한도는 1역년에 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준 합계액(이하 “과세표준 합계액”)에 100분의 30[개인사업자에 대해서는 과세표준 합계액이 4억원 이하인 경우에는 100분의 50, 과세표준합계액이 4억원 초과인 경우에는 100분의 40(2023년 12월 31일까지는 과세표준 합계액이 4억원 이하인 경우에는 100분의 65, 과세표준 합계액이 4억원 초과인 경우에는 100분의 55), 2023년 12월 31일까지 법인사업자에 대해서는 100분의 50]을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액으로 한다.( 시행령 제84조 제3항)

☞ 이 규정은 김치공장 등과 같이 의제매입세액공제 대상이 1년중 1과세기간에 집중되는 경우 의제매입세액공제 한도로 인한 불이익을 막기 위하여 1년 전체에 대하여 한도액을 계산한다는 규정입니다

 

3. 의제매입세액 공제 대상 재화

 

면세 대상인 농 · 축 · 수 · 임산물과 소금, 김치, 두부와 같은 단순가공식품을 포함하며, 농축수임산물의 1차 가공품( 탈곡, 정미, 정맥, 제분, 정육, 건조, 냉동, 염장등)과 1차가공 과정에서 발생하는 부산물을 포함한다.

 

4. 재화의 제조 · 가공 또는 용역의 창출에 사용되어야 한다.

 

면세대상인 농 · 축 · 수산물 등을 원재료로 하여 과세 재화의 제조 · 가공, 용역의 창출에 직접적으로 사용되는 원료, 재료 (김치제조. 유제품제조, 육가공업. 음식점, 조경공사 건설업등)

 

5. 부가가치세 신고시 제출 증비서류

 

▶제조업

매입처별계산서합계표( 매입자 발생분 포함 ), 신용카드 · 직불카드매출전표수취명세서, 농어민으로부터 직접구입시 그 사실을 확인할 수 있는 서류, 의제매입세액공제신고서.

 

▶기타업종

계산서, 신용카드 · 직불카드 매출전표 수취명세서, 의제매입세액공제신고서

 

☞제조업을 제외하고는 농어민으로부터 직접 공급받아 계산서, 신용카드 전표 등이 없는 거래의 경우는 의제매입세액 공제 대상이 되지 않는다.

식당이 김치, 두부, 소금, 된장 등을 구입하고 계산서 등을 받았으면 의제매입세액이 공제된다

 

6. 회계처리

 

음식점을 영위하는 사업자가 과세기간 중 사업자가 농산물 1,000,000원을 구입하고 계산서를 교부받았을 때 ( 음식점으로 8/108 의제매입세액 공제율 적용 )

 

▶구입시

(차) 재료비 1,000,000                 (대) 현금 등 1,000,000

 

▶부가세 신고시

(차) 부가가치세 대급금 74,074    (대) 재료비 74,074

 

7. 공제시기

 

• 의제매입의 공제시기는 구입한 날이 속하는 예정신고, 또는 확정신고 기간이다.
• 사업자가 예정신고 기간에 공제하지 아니한 의제매입세액은 확정신고시 공제받을 수 있으며, 예정 확정시 공제받지 아니한 경우 경정청구할 수 있다 ( 통칙 42-84-6 )
• 의제 매입세액은 경정청구 수정신고시에도 공제할 수 있으므로 식당의 경우 경정조사에 의하여 식육 매입 등의 누락금액이 발생하였고 계산서, 신용카드에 의한 구입이 확인되면 의제 매입세액공제가 경정결정시에도 추가로 가능한 것으로 보인다.

 

8. 과세 · 면세 겸업자의 경우

• 겸업자가 면세되는 농산물 등을 구입한 경우 그 과세기간 종료일까지 당해 원재료의 실제귀속에 따라 의제매입세액 공제 대상 여부를 판단하고 그 귀속이 불분명한 경우에는 공통 매입세액의 안분계산과 같이 당해 과세기간 공급가액을 비율로 안분계산하여 의제매입세액공제를 한다.
• 이 경우 당해 과세기간 총공급가액중 의제매입세액공제가 되지 않는 재화의 공급가액이 5%미만이거나 공통매입 원재료 가액이 20,000원 미만인 경우에는 당해 농산물 전체에 대하여 의제매입세액공제를 하며, 당해 과세기간중 공급가액이 없거나 과세,면세사업중 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 매입가액비율, 예상공급가액 비율로 안분계산하여야 한다.
• 이 경우 공통 매입세액의 안분계산과 달리 그 후 면세공급비율이 증가한 경우에도 의제매입세액공제의 재계산은 하지 않는다
  (722601-916 1995. 5. 22 )

사례

정육점과 식당을 겸업하는 개인사업자가 2009.1기에 쇠고기 구입 200,000,000원을 구입하였다. 당해 과세기간의 음식점 수입 150,000,000원 정육점 수입 120,000,000원인 경우, 의제매입세액의 안분계산은 ? 공제하는 의제매입세액 200,000,000 × 150,000,000  /270,000,000 × 8/108 = 8,230,452원

 

 

9. 의제매입세액 관련 예규, 판례등

 

조경공사에 직접사용되는 수목, 잔디의 매입시 의제매입세액공제 여부 (부가46015-1893 1997.8.12.) 조경공사업을 영위하는 건설업자가 과세사업인 조경공사에 직접 사용되는 수목 등을 면세사업자로부터 공급받고 매입처별계산서 합계표 또는 영수증을 사업장관할 세무서장에게 제출하는 경우에는 의제매입세액공제를 받을 수 있는 것이나, 동 면세 원재료를 농민으로부터 직접 공급받은 경우에는 제조업을 제외하고는 의제매입세액공제를 받을 수 없음

면세되는 축산물을 공급받은 후 위탁가공하여 공급하는 경우 (서면3팀-1842 2005, 10 .24) 사업자가 면세되는 축산물을 공급받은 후 그 축산물을 다른 사업자에게 위탁가공하여 판매하는 경우 당해 위탁가공하여 판매하는 사업자가 제조업을 영위하는 것에 해당되고, 당해 축산물이 부가세 과세대상인 경우에 의제매입세액공제대상이 된다.

직매장 및 공장으로 재화의 반출이 있는 경우 의제매입세액공제 한도액계산 • 총괄납부사업자가 "A" 공장에서 면세농산물등을 구입하여 생산한 과세재화의 일부를 직매장에 반출하여 판매하고 잔여 재화는 "B"공장으로 반출되어 추가가공을 거쳐 직매장에 반출되어 해당 과세재화가 판매되는 경우 의제매입 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 해당 과세기간에 "A"공장에서 직매장으로 반출되어 판매된 과세표준액과 "B"공장으로 반출되어 가공 후 판매장에서 판매된 과세표준의 합계액으로 하는 것임. • 2개 이상의 사업장이 있는 사업자의 의제매입세액공제는 의제매입세액공제대상 원재료를 공급받는 해당 사업장에서 하여야 하는 것이나, 의제매입세액공제대상 원재료를 공급받는 사업장과 과세되는 재화의 최종제품이 완성되는 장소가 따로 있는 경우에는 최종제품이 완성되는 사업장에서도 공제할 수 있는 것임 (법규부가2014-249 2014.07.10.)

사업자단위과세자의 부가가치세 신고시 의제매입세액공제 적용 방법 (사전법령해석부가2016-862016.03.15. ) 「부가가치세법」 제8조에 따른 사업자단위과세 사업자는 같은 법 제6조에 따라 본점(법인)을 납세지로 하여 같은 법 제48조 및 제49조에 따른 부가가치세 예정·확정신고를 하는 것으로, 이 경우 「부가가치세법 시행령」 제84조 제2항을 적용할 때 의제매입세액으로 공제할 수 있는 금액의 한도는 사업자단위과세 사업자 전체의 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준을 한도로 하는 것임

공제받지 못한 의제매입세액의 구제 방법 (집행기준: 42-84-11 ) 사업자가 예정신고시에 의제매입세액공제 관련 서류를 제출하지 못하여 공제받지 못한 경우, 확정신고시에 제출하여 공제받을 수 있으며, 예정 또는 확정신고시에 공제받지 못한 의제매입세액은 해당 서류를 다음 각 호와 같이 제출하는 경우 공제받을 수 있다.   1. 과세표준수정신고서, 경정청구서, 기한후 과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우 2. 과세관청의 경정시 발급받은 계산서 또는 신용카드매출전표 등 수취명세서를 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우 3. 사업자등록을 신청한 사업자가 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 발급받은 계산서는 의제매입세액을 공제할 수 있다 4. 발급받은 계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 5. 면세되는 농산물 등의 공급시기 후에 발급받은 계산서로서 해당 공급시기가 속하는 부가가치세 과세기간 내 발급받은 계산서는 의제매입세액을 공제받을 수 있는 계산서로 본다. 6. 본점에서 구입한 농산물 등을 음식점업을 영위하는 다른 사업장으로 반출하는 경우 본점에서 의제매입세액을 공제하며, 공제율은 음식점업의 공제율을 적용한다.