2024.12.31. 현재 조세의 중복지원을 규제하는 내용을 게재합니다.
1. 투자세액공제 중복적용 금지(제2항)
아래의 각 표에 표시된 세액공제는 서로 중복하여 적용하지 않는다.
| 제8조의3 제3항 | 상생협력 기금출연 투자세액공제 |
| 제24조 | 통합투자세액공제 |
| 제26조 | 고용창출 투자세액공제 |
| 제19조 제1항 | 성과공유중소기업 세액공제 |
| 제26조 | 고용창출투자세액공제 (2018년 폐지) |
| 제29조의4 | 근로소득증대기업 세액공제 |
| 제26조 | 고용창출투자세액공제 (2018년 폐지) |
| 제29조의5 | 청년고용증대 세액공제 (2018년 폐지) |
| 제30조의4 | 중소기업사회보험료 세액공제 |
■ 투자한 자산별로 투자세액공제를 각각 달리할 수 있는지?
내국법인이 투자한 동일자산에 대하여 「조세특례제한법」 제127조 제2항의 각종 투자세액공제가 중복적용되는 경우에는 같은 조 같은 항에 의해 그 중 하나만을 선택하여 적용하는 것이며 여러 가지 자산을 투자한 경우에는 투자한 자산별로 각각 투자세액공제를 달리할 수 있다. (서면2팀-18:2008.01.07 법인 46012-467, 1996.02.10)
2. 세액공제와 외국인투자에 대한 세액감면의 중복적용 배제 (제3항)
투자자산에 대하여 다음의 세액공제규정을 적용함에 있어서 외국인투자에 대한 소득세를 감면하는 경우에는 당해 규정에 의하여 공제할 세액에 당해 기업의 총지분에 대한 내국인 투자자의 소유지분 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제세액으로 한다.
내국인은 감면을 받지 못하므로 이에 대해 내국인 투자비율 만큼 각종 세액공제를 한다.
| 공제세액 = 공제할 세액 × 내국인투자자의 소유지분 / 당해 기업의 총지분 |
사업연도중 내국인투자지분이 변경된 경우에 내국인투자자의 소유주식 등의 비율은 다음 산식에 따라 계산한 당해 사업연도중 평균자본금 비율에 의한다. (내국인 소유주식 비율)
| (변경 전 내국인자본금 × 변경 전 일수) + (변경 후 내국인자본금 × 변경 후 일수) / (변경 전 총자본금 × 변경 전 일수) + (변경 후 총자본금 × 변경 후 일수) |
해당되는 세액공제는 다음과 같다.
| 제8조의3 제3항 | 상생협력 기금출연 투자세액공제 |
| 제24조(2021 신설) | 통합투자세액공제(중소기업투자, 생산성향상시설. 연구개발설비투자, 안전시설. 에너지절약시설등 종전의 각종 투자세액공제 |
| 제26조 | 고용창출 투자세액공제 |
| 제29조의5 | 청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 |
| 제29조의7 | 고용증대세액공제 |
| 제29조의8 | 통합고용세액공제 ( 제1항 기본공제금액) |
| 제30조의4 | 중소기업 사회보험료세액공제 |
| 제104조의14 | 제3자 물류비용에 대한 세액공제 |
| 제 104조의 15 | 해외자원개발 투자에 대한 과세특례 |
3. 세액감면과 세액공제의 중복적용 배제 (제4항)
내국법인이 동일과세연도에 다음의 세액감면과 세액공제는 상호 중복해서 공제하지 않는다.
☞이 규정은 아래의 세액감면과 아래의 세액공제가 중복 해당할 때 중복적용하지 않는다는 규정이고 감면 상호간, 세액공제 상호간에 중복공제하지 않는다는 규정은 아닙니다
■세액 감면
| 제6조 | 창업중소기업 등에 대한 세액감면 |
| 제7조 | 중소기업에 대한 특별세액감면 |
| 제12조의2 | 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면 |
| 제31조 제4·5항 | 중소기업간의 통합에 대한 소득세의 이월감면 |
| 제32조 제4항 | 법인전환시 세액감면 승계 |
| 제62조 제4항 | 공공기관이 혁신도시로 이전에 대한 감면 |
| 제63조 제1항 | 수도권과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 |
| 제63조의2 제1항 | 공장 및 본사 수도권외지역이전에 대한 임시특별세액감면 |
| 제64조 | 농공지구입주기업 등에 대한 세액감면 |
| 제66조 | 영농조합법인 법인세 면제 |
| 제67조 | 영어조합법인 법인세 면제 |
| 제68조 | 농업회사법인 법인세 면제 |
| 제85조의6제1 • 2항 | 사회적기업에 대한 법인세 감면 |
| 제99조의9 제2항 | 위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면 |
| 제99조의11 제1항 | 감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업 법인세 등의 감면 |
| 제104조의24 제1항 | 해외진출기업 국내복귀에 대한 감면 |
| 제121조의8 | 제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 소득세의 감면 |
| 제121조의9 제2항 | 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업 소득세 감면 |
| 제121조의17 제2항 | 기업도시개발구역입주기업 등에 대한 소득세 감면 |
| 제121조의20 제2항 | 아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업등에 대한 법인세등의 감면 |
| 제121조의21 제2항 | 금융중심지 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면 |
| 제121조의22 제2항 | 첨단의료복합단지 입주기업 감면 |
| 제121조의33제2항 |
■ 세액공제
| 제8조의3 | 대 · 중소기업 상생협력을 위한 기금출연시 세액공제 |
| 제13조의2 | 내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례 |
| 제24조 | 통합투자세액공제 (중소기업투자. 생산성향상시설. 연구개발설비투자|안전시설. 에너지절약시설등 종전의 각종투자세액공제) |
| 제25조의6 | 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제 |
| 제26조 | 고용창출투자세액공제 |
| 제30조의4 | 중소기업 사회보험료 세액공제 |
| 제104조의 14 | 제3자 물류 비용에 대한 세액공제 |
| 제104조의 15 | 해외자원개발 투자에 대한 과세특례 |
| 제104조의 22 | 기업의 운동경기부 설치·운영에 대한 과세특례 |
| 제104조의 25 | 석유제품 전자상거래에 대하 세액공제 |
| 제122조의4 제1항 | 금사업자와 스크랩등사업자의 수입금액의 증가 등에 대한 세액공제 |
| 제126조의7 제8항 | 금 현물시장에서 거래되는 금지금에 대한 과세특례 |
☞ 조특법 제6조 제7항( 창업중소기업 감면중 고용인원 증가에 따른 추가감면 )과 조특법제29조의7( 고용증대세액공제 ), 제29조의8(통합고용세액공제)는 중복적용하지 않습니다(2024년 이전 창업까지)
☞ 제6조(창업중소기업 감면)과 제29조의7 (고용증대세액공제)또는 제29조의8(통합고용증대세액공제)을 동시에 적용하지 않습니다. ( 2025년 이후 창업분부터 )
■ 동일 사업연도에 감면과 세액공제가 사업장(현장)별로 적용될 수 있는지?
- 내국인이 동일한 과세연도에 세액감면과 세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 조세특례제한법 제127조 제4항에 따라 그 중 하나만을 선택하여 적용하여야 합니다.
- 다만, 조특법 제127조 제4항을 적용함에 있어서 제조공정이 서로 무관한 2개의 공장을 영위하는 법인이 각각의 공장을 구분하여 경리함에 따라 산출세액 중 공장별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우에는 1개의 공장에서 세액감면을 적용하고 있다 하더라도 다른 공장(이하 "제2공장")에 투자를 함에 따라 발생한 투자세액공제액은 제2공장에 귀속되는 세액을 한도로 공제할 수 있습니다.(기재부조세특례-284:2010.03.23) (조특법 제127조 10항)
■ 법인이 감면사업과 비감면사업을 구분경리한 경우 비감면사업에서 발생한 투자세액공제는 비감면사업에서 발생한 세액을 한도로 5년간 공제하는 것임
감면과 세액공제의 중복적용 배제는 법인을 기준으로 하는 것이 아니라 법인의 사업장별로 구분경리한 경우 비감면사업에 발생된 각종 투자세액공제는 중복적용이 배제되지 않는다.
만약 비감면사업에는 귀속세액이 없어서 해당 사업연도에 투자세액공제를 받지 못하더라도 그 다음 사업연도로 이월하여 5년간 공제하되, 이월된 사업연도의 법인 전체 산출세액이 아니라 비감면사업에 귀속되는 산출세액의 범위 내에서 공제하는 것이 타당하다.( 조심2015전5379 2018. 8. 24)
4. 세액감면의 중복적용 배제(제5항)
동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 다음에 해당하는 세액감면이 중복되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다
| 제6조 | 창업중소기업 등에 대한 세액감면 |
| 제7조 | 중소기업에 대한 특별세액감면 |
| 제12조의2 | 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면 |
| 제31조 제4·5항 | 중소기업간의 통합에 대한 소득세의 이월감면 |
| 제32조 제4항 | 법인전환시 세액감면 승계 |
| 제62조 제4항 | 공공기관이 혁신도시로 이전에 대한 감면 |
| 제63조 제1항 | 수도권과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 |
| 제63조의2 제1항 | 공장 및 본사 수도권외지역이전에 대한 임시특별세액감면 |
| 제64조 | 농공지구입주기업 등에 대한 세액감면 |
| 제85조의6제1 • 2항 | 사회적기업에 대한 법인세 감면 |
| 제99조의9 제2항 | 위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면 |
| 제99조의11 제1항 | 감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업 법인세 등의 감면 |
| 제104조의24 제1항 | 해외진출기업 국내복귀에 대한 감면 |
| 제121조의8 | 제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 소득세의 감면 |
| 제121조의9 제2항 | 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업 소득세 감면 |
| 제121조의17 제2항 | 기업도시개발구역입주기업 등에 대한 소득세 감면 |
| 제121조의20 제2항 | 아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업등에 대한 법인세등의 감면 |
| 제121조의21 제2항 | 금융중심지 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면 |
| 제121조의22 제2항 | 첨단의료복합단지 입주기업 감면 |
| 제121조의2 | 외국인투자에 대한 세액감면 |
| 제121조의4 | 외국인투자기업 증자에 대한 감면 |
■ (법인세통칙 127-0...2) 동일 사업장 내의 별도 공장에 대하여 각각 다른 감면 적용 가능
동일부지 내에 공장이 있더라도 각 제품별로 제조설비 및 공장건물을 별도로 설치하고 제조공정이 서로 무관한 제품을 생산하여 구분경리가 가능한 경우에는 공장별로 각각 다른 감면을 선택하여 적용받을 수 있다
■ 동일사업장에 업종별로 감면을 달리할 수 있는지?
내국법인이 동일한 사업장에서 제조업으로 창업한 후 도매업을 추가하여 겸영하면서 명확히 구분경리하는 경우 제조업에서 발생한 소득에 대하여는 조세특례제한법 제6조에서 규정하는 창업중소기업세액감면을 적용받고 도매업에서 발생한 소득에 대하여는 조세특례제한법 제7조에서 규정하는 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임. ( 재조예 -17 :2005. 01.07)
☞위의 예규에서 보듯이 세액감면의 중복적용 배제는 동일 사업연도, 동일 사업장의 동일 소득에 대하여 중복적용이 배제되므로 연도별로, 사업장별로, 동일사업장의 업종별로 감면을 각각 달리 적용할 수 있는 것으로 보입니다.
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