조세특례제한법상 세액의 공제 · 감면시 주의할 사항

1. 총괄표

 

구분	농어촌 특별세	감가상각 의제	이월 공제	최저한세	중복공제
창업중소기업․벤처기업세액감면(조특법 제6조)	×	O	×	해당 ※1.참고	감면: 배제 공제: 개별판단
중소기업특별세액감면(조특법 제7조)	×	O	×	해당	감면: 배제 공제: ※2 참고
법인 본사이전 기업감면(조특법제63조의2)	×	O	×	해당없음	감면: 배제 공제: 개별판단
공장 이전 감면(조특법제63조)	×	O	×	해당(지방이전 해당없음)	감면: 배제 공제: 개별판단
영농 · 영어 · 농업회사 법인세면제(조특법66-68조)	×	O	×	해당없음	감면: 가능 공제: 개별판단
사회적기업 · 장애인표준사업장(조특법 856)	O	O	×	해당없음	감면: 배제 공제: 개별판단
연구인력개발비세액공제(조특법 제10조)	×	×	O	해당(중소기업 해당없음)	감면: 가능 공제: 가능
통합투자세액공제(조특법 제24조)	O	×	O	해당	감면: 배제 공제: ※5 참고
근로소득증대세액공제(조특법 제29조의4)	O	×	O	해당	감면: 가능 공제: 가능
고용증대 세액공제(조특법 제29조의7)	O	×	O	해당	감면: ※3 참고 공제: 가능
사회보험료 세액공제(조특법 제30조의4)	×	×	O	해당	감면: 배제 공제: 가능
정규직전환 세액공제(조특법 제30조의2)	×	×	O	해당	감면: 가능 공제: 가능
전자신고 세액공제(조특법 제104조의8)	×	×	O	해당	감면: 가능 공제: 가능

※1.

100% 감면되는 청년 ·  소규모 · 위기지역창업 및 인원증가에 따른 추가감면은 최저한세를 적용하지 않는다.

 

※2.

고용증대세액공제와 사회보험료세액공제와는 중복적용되나 그 외 세액공제와는 중복적용 배제.

 

※3.

창업중소기업 중 고용증가 추가감면(법제6조 제7항)과 중복적용되지 않으나, 그 외 다른 감면과 중복적용 가능합니다.

 

※4. 감면과 감면 :

동일사업장 · 동일 소득에 대하여 중복적용되지 않습니다.

구분경리가 필요합니다.

영농 · 영어 · 농업법인 감면은 다른 감면과 중복적용 가능합니다

 

※5. 공제와 공제 :

기본적으로 공제와 공제는 중복적용됩니다. 다만 투자세액공제는 중복적용되지 않으나 투자자산이 여러 건인 경우 각 자산별로 투자세액공제를 달리할  수 있고, 인원증가에 대하여 동일하게 적용되는 근로소득증대와 성과공유중  소기업 세액공제는 중복적용하지 않습니다.

 

※6. 감면과 공제:

각종 투자세액공제와 사회보험료세액공제는 감면과 중복적용되지 않습니다.

동일연도 발생분은 안 되고 이월된 세액공제와 당해연도 감면은 중복적용됩니다.

그러나 2018부터 사회보험료세액공제와 중소기업특별감면은 중복적용되며, 또한 사업장을 구분하여 감면과 공제를 각각 적용하고 소득구분이 되는 경우 중복 가능합니다.

 

 

2. 최저한세

 

(1) 중소기업 최저한 세율 :

• 7%

(2) 일반기업의 최저한 세율

• 과세표준 100억원 이하 10%
• 과세표준 1천억원 이하 부분 12%
• 과세표준 1천억원 초과 부분 17%

(3) 중견기업 최저한 세율

• 졸업유예기간 (4년) 이후 3년간 8%
• 졸업유예기간 (4년) 이후 3년간 및 경과 이후 2년간 9%

☞졸업유예기간 경과 후 5년이 지났거나, 졸업유예기간을 적용받지 않은 경우 적용되지 않는다.

 

(4) 세액공제 · 감면의 적용 순서

• 세액감면과 세액공제가 동시에 적용될 때 법인세법 제59조 규정에 의하여 감면을 먼저 적용하고, 그 뒤에 세액공제를 적용한다. ( 법인세법 제59조를 우선 적용 )
• 당해연도 발생 세액공제와 이월된 세액공제가 2 이상 있을 경우 먼저 발생된 것부터 차례대로 공제하고(발생연도가 오래된 세액공제부터 적용) 동일연도에 2 이상의 세액공제가 적용될 때는 최저한세가 적용되는 세액공제를 우선 적용한다.

1. 최저한세 적용되는 감면
2. 최저한세 적용되지 않는 감면
3. 최저한세 적용되는 세액공제
4. 최저한세 적용되지 않는 세액공제

감면과 공제의 중복시 적용순서는 법인세법 제59조에서 세액감면→이월공제가 가능한 세액공제 →이월공제가 불가한 세액공제 ( 발생된 순서대로 공제 )로 규정하고 있습니다. 

다만 조특법상 공제 · 감면은 최저한세 규정이 있으므로 이에 대해 조특법 제132조 제3항에서 별도로 최저한세가 적용되는 감면 · 공제와 적용되지 않는 감면 · 공제에 대해서 적용의 우선 순위를 규정하고 있습니다. 

따라서 감면과 공제가 중복 적용될 때 법인세법에 의하여 감면을 공제보다 먼저 적용하고, 다만 감면끼리의 중복적용, 세액공제끼리의 중복적용시 최저한세 적용되는 감면 또는 공제를 먼저 적용하여야 할 것으로 보입니다.
그러나 과세관청에서는 조특법 132조를 적용하여, 감면이냐 공제이냐에 상관없이 최저한세 적용 여부에 따라 위와 같이 해석하고 있으니 적용에 유의하시기 바랍니다.

(예 : 최저한세가 적용되지 않는 청년지방창업감면과 최저한세가 적용되는 고용증대세액공제 중복 적용시 고용증대세액공제 우선 적용 )
(   조특법제132조제3항.   제144조제2항.       법인세법제59조   제1항.   대법2012두28445    2013.05.24.   ) (   조심2011중1049    2013.04.26.   서면법인2020-4041    2021.03.08.   )

 

 

3. 무신고 · 경정결정 · 수정신고시 감면배제 ( 조특법 제128조 제2항, 제3항, 제4항 ), 사업용계좌 미사용 · 현금영수증미가입 · 신용카드 현금영수증 미발급의 경우 감면 배제

 

(1) 무신고자로서 기한후신고를 하거나, 세무서장의 무신고자의 세액을 결정하거나,  부당과소신고금액 (신고불성실가산세 40% 적용항목. 기본법 47조의3 2항 1호)에 대해 세무서장이 경정결정하거나 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고하는 경우 아래 표의 세액감면은 배제한다.

 

(2) 사업자가 다음의 1에 해당되는 경우에는 해당 과세기간에 대하여 아래의 감면을 배제한다.
다만 의무를 불이행한데 대하여 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 적용하지 아니한다( 개인사업자의 경우 사업장별 판단 )

 

1) 사업용계좌 미가입

소득세법」 제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우( 2008.1.1이후 귀속부터 적용)

 

2) 현금영수증 가맹점 미가입

소득세법」 제162조의3 제1항 또는 「법인세법」 제117조의2 제1항의 규정에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우( 2007.7.1.이후 거래분부터 )

제조 · 도매 · 소매업으로 사업자등록을 한 사업자가 그 후 수년간 도매업 또는 소매업의 매출실적이 전혀 없는 경우로서 소매업에 대하여 현금영수증 가입하지 않은 경우 감면배제에 관한 규정 및 현금영수증미발급가산세에 관한 규정을 적용하지 아니하는 것임(소득 -4637 : 2008.12.10 )

 

3) 신용카드와 현금영수증 발급거부등

소득세법」 제162조의2 제2항에 따른 신용카드가맹점으로 가입한 사업자 또는 「소득세법」 제162조의3 제1항 또는 「법인세법」 제117조의2의 규정에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 신용카드매출전표 또는 제126조의3 제3항의 규정에 따른 현금영수증의 발급요청을 거부하거나 사실과 다르게 발급한 경우로서,

• 사실과 다르게 발급한 사실을 신고금액을 3회 이상 통보받은 경우로서 그 금액의 합계액이 100만원 이상인 경우
• 해당 과세연도에 신고금액을 5회 이상 통보받은 경우

제6조	창업중소기업감면
제7조	중소기업특별세액감면
제12조	기술이전 및 기술취득 과세특례
제12조의2	대덕연구개발특별지구
제31조 4항.5항	중소기업통합 감면
제32조	법인전환 양도소득세 이월과세
제33조의2	사업전환중소기업 감면
제62조 4항	공공기관이 혁신도시이전 감면
제63조	공장이전 중소기업 감면
제63조의2 2항	수도권 외 지역이전 감면
제64조	농공단지입주기업 감면
제66조	영농조합법인 감면
제67조	영어조합법인 감면
제68조	농업회사법인세 감면
제85조의 6	사회적기업 · 장애인표준사업장 감면
제96조	소형주택임대사업자 감면
제96조의3	상가임대료 인하 사업자 감면
제99조의9	위기지역창업에 대한 감면
제99조의11	감염병피해 특별재난지역 감면
제99조의 12	선결재금액 세액공제
제102조	산림개발소득 감면
제104조의24 1항	해외진출기업국내복귀 감면
제121의 8	제주첨단과학기술단지입주 감면
제121의 9 2항	제주투자진흥지구단지입주 감면
제121의 17 2항	기업도시입주기업 감면
제121의 20 2항	아시아문화중심도시입주 감면
제121의 21 2항	금융중심지차업기업 감면
제121의 22 2항	첨단의료복합단지입주 감면

 

 

4. 세액의 이월공제(조특법 제144조)

 

(1) 조특법 제144조 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 이를 공제한다

 

(2) 당해사업연도에 세액공제가 중복적용될 때 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제부터 적용하고 그 후 이월공제가 인정되는 세액공제를 적용한다 (법인세법 제59조 제1항)

 

(3) 공제받지 못한 이월세액공제는 개인기업의 법인전환(조특법 제32조에 의한 사업양수도), 법인의 합병 분할 등의 경우에는 잔여공제 가능기간에 한하여 미공제 세액이 승계되나, 개인기업의 상속에 의한 승계, 법인전환이 아닌 사업의 포괄양수도의 경우에는 각종 투자자산의 2년이내 처분으로 보아서 기공제 세액이 추징되지는 않으나 이월 미공제세액이 승계되지 않는다.(법인-173 2014.04.11.)

 

(4) 기본통칙 144-0…1 [ 경정결정시 이월공제액의 추가공제 ]당초 신고시 최저한세 적용으로 이월공제액이 발생한 경우로서 수정신고·경정결정으로 인하여 당해 사업연도의 공제한도가 증가하는 경우에는 이를 추가로 공제하여 경정결정할 수 있다

 

■세액공제 · 감면 · 과세이연등에 대한 경정청구 가능 여부

• 법인세법 및 조특법상 세액공제와 감면의 경우 이를 적용받고자 하는 경우 해당 법규정에 ‘신청하여야 한다’ 라고 되어있으나, 이는 과세관청에 대한 협조사항에 불과하므로 설령 신청을 하지 않았거나, 다른 세액공제 감면으로 정정하고자 하는 경우 소급하여 신청하면서 경정청구나 수정신고 또는 세액공제의 이월이 가능합니다.
• 그러나 원칙은 과세대상이지만 예외적으로 납세자의 선택에 의하여 적용이 가능한 공장이전 등에 의한 양도차익의 과세이연, 결손금의 소급공제, 자산수증이익과 채무면제이익의 익금불산입, 국고보조금 손금산입 ( 익금계상되었으나 손금산입이 누락된 경우를 말하며, 익금과 손금이 같이 누락된 경우에는 수정신고시 손금산입 가능 ), 고유목적사업준비금 손금산입은 반드시 해당 과세연도 정기분 법인세 신고시 세무조정 및 신청서등이 제출된 경우에 한하여 적용합니다.
•  자산수증이익 등을 발생연도에 상관없는 이월결손금과 보전한 후 익금불산입 세무조정은 경정청구 가능하다 (대법원2011.11.29. 2012두16121)

■ 국세기본법에 의한 경정청구 기한, 감액경정청구 거부에 대한 조세불복 기한

과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 기한후 과세표준신고서를 제출한 자는 , 신고한 과세표준및 세액을 초과할 때 등의 사유가 있는 경우 최초신고및 수정신고한 국세의 과세표 준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 청구할 수 있다.
다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. ( 국세기본법 제45조의 2 )

 

• 세무조사등에 의하여 신고세액을 초과하는 증액경정처분에 대하여는 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 불복청구를 하여야 하며, 이때 당초신고에 오류등이 있어 감액경정청구 사유가 있으나 이를 세무조사에서 반영되지 않았을 때 당초 신고등은 증액경정처분에 흡수되어 불복기간 (90일)이내에 불복하거나 또는 불복기간이내에  감액경정청구가 원칙이다.
• 그러나 대법원 판례에서는 당초 신고시 오류등으로 인한 과다납부등에 대한 감액경정청구에  대하여 “ 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간(90일) 내에 다투지 아니하였더라도 5년의 경정청구 기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는  아무런 영향이 없음” 으로 판결하였다 ( 대법2012두12822 2014.06.26. )
  따라서 감액경정청구는 세무조사등으로 증액경정처분이 있는 경우 증액경정처분에 흡수된 것으로 보아 고지된 세액과 함께 90일 이내에 불복청구하거나 또는 증액경정처분과 별도로 법정신고기한으로부터 5년 이내 별도로 감액경정청구할 수 있는 것으로 보인다.
• 납세자는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만  아니라 과세관청의 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다. 다만, 증액경정처분에 대한  불복기간이 경과한 경우에는 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할  수 있을 따름이다  ( 대법 2021두39997 2024.06.27. )
  따라서 당초 증액경정처분에 대하여 불복제기(90일이내)를 하지 않은 경우에도 당초 신고분에 대한 감액 경정청구시 (5년이내) 당초 신고한 세액을 한도로 증액경정처분에 대하여도 다툴 수 있다.