조특법상의 감면 적용시 주의사항

1. 소득의 구분계산 (조특법 제143조 법인세법 제113조)

 

• 소득세·법인세가 감면되는 사업과 과세되는 사업을 겸업하는 경우에는 감면사업과 과세사업으로 구분하여 소득금액을 계산하여야 한다.
• 감면사업만을 영위하는 경우에도 영업외이익과 특별이익 중 수입이자, 고정자산처분이익, 유가증권처분이익, 자산수증이익 등은 이를 제외하여 감면소득을 계산하여야 한다.
• 감면소득 계산시 이월결손금, 소득공제 등이 있을 경우 감면소득에서 발생한 것이 분명할 경우 감면소득에서 차감하나 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한다.

 

(1)감면세액의 계산 사례

 

1) 개인의 사례 1

 

수도권의 소기업으로

제조업소득 80,000,000

도매업소득 25,000,000

부동산임대소득 15,000,000

제조업소득중 고정자산처분익 500,000 포함

소득공제: 4인 가족으로 4,600,000원임

중소기업특별세액감면액은?

• 산출세액
  • (119,500,000-4,600,000) × 40% - 13,000,000 = 32,960,000
• 제조업 감면세액
  • 32,960,000 × 79,500,000 / 119,500,000 × 20% = 4,385,472
• 도매업 감면세액
  • 32,960,000 × 25,000,000 / 119,500,000 × 10%= 689,539
• 감면세액 합계
  • 4,385,472 + 689,539 = 5,075,011

 

2) 법인의 사례 1

 

수도권 내의 소기업으로

제조업소득 40,000,000

도매업결손 21,000,000

부동산임대소득 20,000,000

중소기업특별감면세액의 계산은 ?

• 산출세액의 계산
  • 39,000,000원 × 10% = 3,900,000
• 제조업소득의 감면세액
  • 3,900,000 × 26,000,000 / 39,000,000 × 20% = 520,000
  • 26,000,000 = 40,000,000 – 21,000,000 × 40,000,000 / 60,000,000
• 도매업 감면세액
  • 없음

 

3) 법인의 사례 2

 

수도권 내의 소기업으로

제조업소득 40,000,000

도매업소득 20,000,000

부동산임대소득결손 30,000,000

중소기업특별감면세액의 계산은 ?

• 산출세액의 계산
  • 30,000,000 × 10% = 3,000,000
• 제조업소득의 감면세액
  • 3,000,000 × 20,000,000/30,000,000 × 20% = 400,000
• 도매업소득의 감면세액
  • 3,000,000 × 10,000,000/30,000,000 × 10% = 100,000

☞ 조특법 제143조 제3항이 2010년 신설되어

“ 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다”

라고 규정하고 있으므로 어느 한 사업의 결손금을 모든 소득에서 소득금액에 비례해서 공제한 후 감면세액을 계산해야 한다.

 

 

(2) 공통손익의 안분계산

• 공통 익금
  • 수입금액 또는 매출액에 비례
• 공통 손금
  • 업종이 동일한 경우
    • 수입금액 또는 매출액에 비례
  • 업종이 다른 경우
    • 각 사업의 개별손금에 비례

 

(3) 개별손익과 공통손익의 예시

 

아래의 금액은 소득구분계산시 과세사업의 개별익금 또는 개별손금이므로 이금액은 제외하고 감면세액을 계산하여야 한다. (법인세법 기본통칙 113-156...6)

• 과세사업의 개별익금( 감면대상 소득이 아니므로 감면업종만 영위하더라도 감면이 배제됨)
  • 수입배당금, 수입이자, 유가증권처분이익, 수입임대료, 가지급금인정이자, 고정자산처분이익, 자산수증이익, 국고보조금, 부가세신용카드 세액공제, 사업용자산의 보험차익, 사업장이전 보상금, 영업손실보상금.
• 과세사업의 개별손금
  
  • 유가증권처분손실, 고정자산처분손실
• 공통익금
  • 귀속이 불분명한 부산물, 작업폐기물 매출액, 귀속이 불분명한 원가차익, 채무면제이익.
  • 안분 계산
• 공통 손금
  • 사채발행비 상각, 사채발행차금상각, 기부금
  • 안분 계산

☞ 과세사업의 개별익금 및 개별손금에 해당하는 항목은 감면사업만을 영위하는 경우에도 이를 감면소득 계산에서 제외하여야 합니다.

 

■ 각종 보조금 및 영업외이익의 감면소득 해당 여부

 

• 택시회사 부가가치세 경감세액 : 일반택시 운송사업자가 특례법 제106조의 4 규정에 의한 부가가치세 경감세액 50%는 중소기업특별세액감면 대상소득에 해당하는 것임(재조예-642 2006.9.20.)
• 「화물자동차 운수사업법」에 따라 지급받는 유가보조금 및 「여객자동차 운수사업법」에 따라 지급받는 유가보조금은 「조세특례제한법」 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 감면대상 소득에 해당함. ( 조세특례제도과 -379, 2008.07.08)
• 개인사업자의 신용카드매출에 대하여 공제받는 부가가치세 신용카드세액공제는 감면대상 소득에 해당되지 않음.
• 정부기관 연구개발 출연금
  • 제조업 등을 영위하는 중소기업이 관계법령에 따라 정부와 협약을 체결하여 기술개발용역사업을 수행하면서 사업비로 지급받는 정부출연금은 당해 법인의 제조업 등에서 발생한 소득에 해당하지 아니하는 것이나 당해 법인의 기술개발사업을 수행한 용역이 한국표준사업 분류상 연구 및 개발업(분류코드 73)에 해당하는 경우에는 감면소득에 해당하는 것임.
  • 정보처리 및 기타 컴퓨터 운영관련업을 주업으로 영위하는 중소기업이 중소기업기술혁신촉진법에 의하여 중소기업 기술혁신 개발사업에 참여하고 그 대가로 받은 정부출연금은 당해 법인의 정보처리 및 기타 컴퓨터 운영관련업에서 발생한 소득에 해당하지 아니하는 것입니다 ( 법인 -1256:2009.11.09)
• 버스회사가 지자체로부터 지원받는 운송수입보조금
  • 해당법인의 운송수입금이 당초 지자체가 정한 표준운송원가에 미달하여 그 차액분을 지자체로부터 보전받는 경우 해당 운송수입 보전금은 감면대상소득에 해당함( 서면법규 -365:2013.03.29)
• 사회적기업이 받은 지원금은 조특법 제85조의6 제1항에 따른 감면소득에 해당한다.
  • 사회적기업으로 인정받은 내국법인에게 관련 법령에 따른 정부의 국고보조금이 해당사업의 비용을 보전하는데 직접적으로 사용된 것이 확인된다면 동 국고보조금은 납세자의 해당 사업에서 발생한 소득에 포함되는 것으로 해석할 수 있다. ( 조심2017중2515 2017․ 7․ 26․ )
    ☞그러나 국세청 예규는 안되는 것으로 해석하고 있다 ( 법령해석과 1359 2020. 05. 07 )
• 일자리 안정자금이 감면대상 국고보조금에 해당하는지 ?
  • 2018년 최저임금 급격한 상승으로 인한 일자리 안정자금 근로자 1인당 13만원의 지원금은 국고보조금의 성격으로서 법인은 익금산입, 개인의 경우 총수입금액에 산입하여야 한다.
  • 그리고 이 금액은 근로자 인건비의 보조금 성격으로 해당 사업과 직접 관련이 있는 수입이므로 해당사업이 감면사업이라면 감면대상인 소득으로 보입니다.
• 영업권 양도에 따른 무형자산처분이익의 중소기업특별세액감면 소득인지?
  • 여객운송업을 영위하는 내국법인이 영업용으로 사용하던 택시 전부와 함께 영업권을 양도함에 따라 발생한 무형자산처분이익은 「조세특례제한법」제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용할 때 감면대상소득에 해당하지 않는 것임(기준법령해석법인2018-183 2018.09.03)

 

 

(4) 지급이자

 

감면대상소득이 아닌 수입이자와 달리 지급이자는 과세사업의 개별손금 및 공통손금으로 분류할 수 없으며, 차입한 자금의 실제용도를 기준으로 사실판단하여 과세 및 감면사업의 개별ㆍ공통손금으로 구분하여 계산한다.

 

 

(5) 외환차손익

 

감면사업 또는 과세사업에 직접 관련되는 외환차손익은 당해 사업의 개별손익으로 구분. 즉 개별손익으로 사용 내용에 따라 분류하여야 한다.

즉, 외상매출채권의 회수와 관련된 외환차손익은 외국환은행에 당해 외화를 매각할 수 있는 시점까지는 당해 외상매출채권이 발생된 사업의 개별손익으로 하고, 그 이후에 발생되는 외환차손익은 과세사업의 개별손익으로, 그 외 외화채권채무와 관련된 차손익은 과세사업의 개별손익으로 한다.

 

☞ 조세특례제한법의 세액공제는 소득을 구분계산할 필요가 없으나, 특정업종을 적용대상으로 하여 산출세액의 일정 비율을 감면하는 경우 특정업종 즉 감면대상 업종의 소득만을 기준으로 감면세액을 산출하여야 하므로 감면대상 업종과 과세대상업종의 소득을 구분하여야 한다.

단일 소득이라 하더라도 수입이자, 고정자산처분이익등 영업외이익에 해당하는 대부분을 제외하고 감면소득을 계산하여야 한다.

 

2. 감면 배제 (조특법 제128조)

 

 

(1) 추계결정시 감면배제 (제1항)

 

• 소득세 또는 법인세를 추계신고ㆍ결정하는 경우에는 아래의 감면을 배제한다.
  다만, 추계하는 경우에도 거주자에 대해서는 제24조(통합투자세액공제) 및 제26조를 적용(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우로 한정한다)한다.
  • 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3 제3항, 제10조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2,제13조의3, 제19조 제1항, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제29조의8, 제30조의3, 제30조의4, 제96조의3(간편장부대상자는 제외), 제99조의12, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의25, 제104조의30, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항
• 위의 규정을 보면 위에서 열거한 조특법 조항은 전부 각종 투자세액공제, 고용증대세액공제 등 세액공제에 관한 규정입니다.
• 따라서 세액공제가 아닌 감면의 경우 추계 신고시에도 감면이 적용되어야 할 것으로 보이나, 개인으로서 복식부기의무자가 추계신고시 무신고자로 간주하므로 2016.7.14 이후의 신고분부터 아래의 규정에 의하여 감면이 배제된다.

 

(2) 무신고자, 경정결정, 사업용계좌와 현금영수증 미가입자, 신용카드와 현금영수증 발급위반자에 대한 감면배제 (제2, 3, 4항)

 

조특법에 의한 법인세ㆍ소득세 감면을 적용함에 있어서 무신고자, 기한후 신고자, 조사 및 수정신고에 의한 경정결정, 사업용계좌와 현금영수증 미가입자, 신용카드와 현금영수증을 사실과 다르게 발급하거나 발급을 거부한 경우 아래의 감면을 배제한다.

제6조	창업중소기업감면
제7조	중소기업특별세액감면
제12조	기술이전및기술취득과세특례
제12조의2	대덕연구개발특별지구
제31조4항.5항	중소기업통합 감면
제32조	법인전환 양도소득세 이월과세
제33조의2	사업전환중소기업감면
제62조 4항	공공기관이 혁신도시이전 감면
제63조	공장이전중소기업감면
제63조의2 2항	수도권외지역이전감면
제64조	농공단지입주기업감면
제66조	영농조합법인감면
제67조	영어조합법인감면
제68조	농업회사법인감면
제85조의6	사회적기업,장애인표준사업장
제96조	소형주택임대사업자감면
제102조	산림개발소득감면
제104조의24 1항	해외진출기업국내복귀감면
제121의8	제주첨단과학기술단지입주
제121의9 2항	제주투자진흥지구단지입주
제121의17 2항	기업도시입주기업감면
제121의 20 2항	아시아문화중심도시입주감면
제121의21 2항	금융중심지창업기업감면
제12122 2항	첨단의료복합단지입주감면

 

 

(3) 추징세액에 대한 감면

 

경정결정( 세무조사, 수정신고, )시 추가되는 결정세액에 대한 감면의 여부는 부정과소신고가산세가 적용되는 경우로서 세무서장이 경정하는 경우와 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 수정신고서를 제출하는 경우에는 위 제2항의 감면을 배제한다.(조특법시행령 제122조 제1항)

구분	일반과소신고 (10%)	부정과소신고 (40%)
세무조사,경정이 있을 것을 알기 전 수정신고	감면 적용	감면 적용
세무조사,경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고	감면 적용	감면 배제
세무서의 경정결정. 조사결정	감면 적용	감면 배제

 

 

(4) 법인 및 개인 복식부기의무자의 추계신고시 감면여부 ?

 

• 위의 조특법 제128조 제1항에서는 추계신고시 세액공제만 배제조항이 있고 세액면제ㆍ감면은 배제한다는 규정이 없으므로 당연히 추계신고시에도 세액감면은 적용되어야 할 것으로 보인다.
• 그러나 과세관청에서는 조특법 제128조의 제2항에서 법인은 각사업연도 법인세 신고, 개인은 소득세 확정신고를 하지 않은 무신고자는 감면을 배제하는 조항이 있고, 법인세법 제60조에서는 재무제표 및 조정계산서를 첨부하지 않으면 각사업연도 신고로 보지 않고, 소득세법 제70조 제4항 본문에서는 복식부기의무자가 재무제표와 조정계산서를 제출하지 않으면 확정신고하지 않은 것으로 본다는 규정을 인용하여 추계신고자에 대하여는 감면을 배제한다는 해석을 하고 있었습니다.
• 이에 최근 심판에서는 합동회의 결과에 의하여 다음과 같이 결정하였습니다.
  • 복식부기의무자가 추계하여 신고한 경우에는 중소기업특별세액감면등 조특법상 감면을 적용하지 않는 것이 원칙이다. 다만, 2016.7.13․ 국세청의 유권해석 이전에는 10년간에 걸쳐서 감면을 인정하였고, 이 관행이 성립된 것으로 납세자가 신뢰할 만한 점을 고려하면 신의성실의 원칙, 소급과세금지의 위반이므로 2016.7.13 이전 신고한 경우 복식부기의무자의 감면은 인정되어야 한다. ( 조심 2016전4308 2017. 5. 23. )
• 위 심판례에 의하면 복식부기의무자의 추계신고시 감면은 2016.7.13 이후 신고분에 대해서는 적용하지 않습니다.
  다만, 그 이전에 신고된 감면세액에 대하여는 신의성실 원칙에 의하여 추징은 하지 않는 것으로 결정하였습니다.
  신의성실원칙에 의한 결정이므로, 2016.7.13 이전 신고분으로 신고시 감면받지 않았으면 경정청구는 허용하지 않습니다.
• 물론 앞으로도 간편장부의무자는 추계로 신고하여도 계속하여 감면을 받을 수 있습니다.

 

 3. 소득구분계산서의 작성 및 감면세액의 계산 사례

 

 

(1) 주식회사***의 2003년 귀속 세무조정후의 손익계산서의 항목이 다음과 같을 때 소득구분계산서의 작성 및 감면세액의 계산.

수도권내의 소기업에 해당함. 단위:천원

• 소득구분계산서는 세무조정후 각사업연도소득금액을 기준으로 감면율이 다른 업종을 영위하거나 감면 받지 못하는 업종을 겸영하는 경우 법인세 감면세액을 계산하기 위하여 작성한다.
• 영업외 수익중 수입이자 5,790은 과세분 개별익금으로 처리하였음.
• 영업외 비용중 고정자산처분손실 4,000은 과세분 개별손금으로 처리하였음.

 

(2) 배부기준액 계산

공통익금	매출액 비례 안분	제조업 매출	도소매업 매출
		636,520 (71.05%)	259,430 (28.95%)
공통손금	업종이 다르므로 개별 손금 비례하여 안분	제조업 개별손금 합계	도소매업 개별손금 합계
		579,760 (69.86%)	250,140 (30.14%)

 

(3) 감면세액의 계산 ( 중소기업특별세액감면 )

• 제조업감면 = 법인세산출세액 10,854 × 61,512 ÷ 72,360 × 10% = 922
• 도소매업감면 = 법인세산출세액 10,854 × 9,058 ÷ 72,360 × 5% = 67
• 감면세액합계 = 989

 

(4) 소득구분계산서 작성 순서

1. 전산프로그램상 안분계산기준선택 (공통손금과 공통익금에 대하여)
2. 매출액 입력
3. 개별익금 및 개별손금 개별업종별로 입력
4. 공통익금 및 공통손금 합계란에 입력