1. 고유목적사업의 의의
- 고유목적사업은 비영리내국법인이 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 사업을 말한다. ( 시행령 제56조 제5항)
- 즉 법령이나 정관에 규정된 목적사업이라 하더라도 법에 규정된 법인세 과세대상인 수익사업에 해당한다면 고유목적사업에 해당되지 않는다.
예를 들면 교육 · 연구관련 비영리법인은 그 목적사업에 출판, 회원대상 강의 등이 있지만 이는 수익사업에 해당하므로 고유목적사업에 해당하지 않으며, 법인세 과세대상에 해당한다( 법규2014-107 2014.03.31.)
또는 연구개발업은 수익사업에 해당하지 않으나 계약등에 의한 대가를 받고 제공하는 용역은 수익사업에 해당한다.
2. 고유목적사업준비금
- 비영리법인은 수익사업에서 발생한 이익을 구성원에게 배분할 수 없고, 목적사업을 위해서만 사용할 수 있다.
이에 대해서 법인세법에서 목적사업에 사용할 재원을 확충해주기 위하여 장래에 고유목적사업이나 일반기부금 지출예정 금액을 미리 법인세 신고시 고유목적사업준비금 전입을 통하여 손금산입해 주고, 추후 고유목적사업 등에 지출될 때는 이를 손금에 산입하지 않고 고유목적사업준비금과 상계하도록 하여 법인세 일부를 감면 또는 과세이연하여 비영리법인의 목적사업 사용을 유도하고 지원해주는 제도이다. - 법 제24조 제3항 1호 및 시행령 제39조 제1항 제1호에 의하여 비영리법인(단체 포함)의 고유목적사업비로 지출하는 기부금은 일반기부금에 해당한다. 그러나 이때에도 이 일반기부금은 소득금액 10% 한도 적용을 받는 것이 아니라, 고유목적사업 준비금의 사용으로 보기 때문에 고유목적사업준비금 설정 한도 50%, 100% 등을 적용받는다
- 대부분의 준비금( 연구개발준비금 등 )은 세금감면이 아니고 과세이연에 불과하나 고유목적준비금은 과세이연과 감면의 성격을 동시에 가지고 있다.
왜냐하면 고유목적준비금을 설정하지 않으면 지출시 특례·일반기부금으로 손금산입한도 소득금액 10% 범위가 적용되나, 고유목적준비금 설정시에는 최소 50%를 적용받기 때문이다.
따라서 가능하면 5년내 고유목적사업 사용예상액을 매년 한도액 이내의 고유목적준비금으로 적립하고 이를 고유목적사업에 사용하는 것이 수익사업 법인세 절세에 도움이 될 것으로 보인다. - 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세법 또는 조특법에 따른 비과세 · 면제 · 준비금의 손금산입 · 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 없다. (법 제29조 제8항)
전기에 수익사업소득에 대해 감면을 적용받은 법인이 당기에 해당 세액감면 외 다른 특례(고유목적준비금)를 선택 적용할 수 있다 (사전법규법인2024-3 2024.04.11)
3. 고유목적사업준비금 설정대상 법인(법인세법 제29조 시행령 제56조 제1항 )
(1) 지정기부금단체에 해당하는 비영리내국법인 ( 시행령 제39조 제1항 제1호의 단체)
(2) 공익법인등에 해당하는 단체와 법령에 따라 설치된 기금
(3)「공동주택관리법」에 의한 공동주택의 입주자 대표회의 · 임차인 대표회의 또는 이와 유사한 관리기구 ( 법인으로 보는 단체인 주거용 오피스텔 관리단 · 상가 관리단 · 종중 · 교회 · 동창회 등은 규정에 없으므로 고유목적준비금 설정할 수 없다)
☞ 당기순이익과세를 적용받는 조합법인(「조세특례제한법」 제72조제1항)과 청산 중에 있는 비영리내국법인은 고유목적준비금을 손금에 산입할 수 없다.
☞ 수입배당금에 대한 법 제18조의2 규정에 의한 투자비율에 따른 배당소득 익금불산입을 적용받는 법인은 이중으로 손금에 산입되는 것을 방지하기 위하여 법 제29조에 따라 고유목적준비금을 손금에 산입하는 경우에는 적용을 제외한다.
배당소득 중에서 일부라도 익금불산입한 경우 고유목적준비금 손금산입이 되지 않으며 익금불산입과 준비금 중 선택하여야 한다.
4. 고유목적사업 준비금 설정 한도
- [소득세법의 이자소득(비영업대금의 이익 제외) + 소득세법의 배당소득] × 100%
- 공익법인으로서 고유목적사업 지출액 중 50% 이상을 장학금으로 지출하는 법인 × 80%
- 그 외 수익사업에서 발생한 소득 (이자 · 배당소득 차감후) × 50%
☞ 수익사업 소득금액은 법인세법상 공제대상 결손금을 차감한 후의 금액을 말한다
5. 고유목적사업 준비금 세무조정
고유목적준비금은 결산조정이 원칙이므로 재무제표에 비용으로 계상하여 손금산입하는 것이 원칙이다.
그러나 회계감사를 받는 비영리법인의 경우 기업회계에서 인정되지 않는 제도이므로 세무조정을 통하여 손금산입하는 신고조정을 허용하고 있다.
| 구분 | 결산조정 | 신고조정(외부회계감사 대상) |
| 손금산입 | (차)고유목적 준비금 전입(영업외비용) (대)고유목적준비금(비유동부채) <세무조정> 한도초과액 손금불산입(기타사외) |
1.고유목적준비금 손금산입(-유보) 2.(차)미처분이익잉여금 (대)고유목적준비금(이익잉여금 중 임의적립금) |
| 준비금의 사용(지출시) | (차)고유목적준비금(비유동부채) (대)현금 · 예금 세무조정: 없음 |
1.고유목적준비금 익금산입(-유보)고유목적 준비금 손금산입(기타) 또는 지정기부금 반영 2.(차)고유목적준비금(임의적립금) (대) 현금 · 예금 |
| 준비금의 환입(미사용) | (차)고유목적준비금(비유동부채) (대)고유목적준비금환입(영업외수익) 세무조정: 없음 |
1.고유목적준비금 익금산입 (-유보) 2.(차)고유목적준비금(임의적립금) (대)미처분이익잉여금 |
☞고유목적준비금 한도초과는 이후 사업연도 손금추인이 되지 않으므로 기타사외유출 처분한다.·
6. 고유목적사업 준비금의 사용
- 고유목적준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 날이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에의 지출이나 일반기부금의 지출에 사용하여야 한다. 이 경우 고유목적사업에의 지출이란 수익사업에서 발생한 소득으로 해당 비영리법인의 고유목적사업 수행을 위하여 실제로 지출(연구비나 장학금 등 지급)하는 것을 말한다.
- 고유목적준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하여야 한다. 이 경우 고유목적사업 등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.
- 이전 사업연도에 고유목적준비금을 설정하지 않았어도 지출한 당해 연도에는 그 사업연도에 계상할 고유목적 준비금에서 지출한 것으로 보므로 지출 당해 연도 결산시 준비금을 설정한다면 한도액의 범위내에서는 손금산입이 가능하다.
7. 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액
- 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(취득후 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우 사용한 금액으로 보지 않는다)및 인건비(급여 · 상여 · 퇴직금 등 )등 필요경비로 사용하는 금액
- 특별법에 따라 설립된 법인 · 기금 중 영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액
- 의료법인이 지출하는 의료기기등 시행규칙 규정자산의 자산취득 · 해외진출 · 연구개발 사업비등
8. 고유목적사업 준비금의 환입
손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
이때 아래의 4, 5에 해당하는 경우 손금산입으로 인한 법인세 감소액에 대한 이자상당액 ( 납부불성실가산세 이자율 일일 2.2/10,000 )을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.
- 해산한 경우 ( 고유목적사업준비금을 다른 비영리법인에게 승계한 경우는 제외한다)
- 고유목적사업을 전부 폐지한 경우
- 법인으로 보는 단체가 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우
- 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에는 5년 내에 사용하지 아니한 잔액.
- 고유목적사업 외의 용도로 지출한 경우
- 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입하는 경우 ( 임의 환입 )
9. 관련 예규 · 판례
■ 종중의 고유목적사업(종중 제사 · 운영 등의 경비)과 수익사업 비용의 세무처리
법인으로 보는 단체로 승인받은 종중은 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 계상할 수 없으며, 당해 단체의 수익사업에 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출한 금액은 지정기부금으로보아 한도액 이내의 금액은 손금에 산입할 수 있다.(2021-2768 2021.06.30. 0146012-10632, 2001.11.30. 146012-10018 2002.01.03.)
■ 상가등의 관리단체가 고유목적준비금 설정할 수 있는지 ?
세무서장 승인에 의하여 법인으로 보는 단체 중 공동주택 관리단을 제외하고 고유목적준비금을 설정할 수 없다. 따라서 법인으로 보는 종중, 상가 및 오피스텔 관리단, 교회등의 경우에는고유목적준비금 설정은 안되지만 법인세 법 시행령 제39조 제2항 규정 (법인으로 보는 단체제56조 제1항 각 호에 따른 단체( 고유목적준비금 설정 가능한 단체)를 제외한 단체의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출하는 금액은 법 제24조 제3항 제1호에 따른 기부금으로 본다)에 의하여 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출하는 금액은 지정기부금으로 볼 수 있습니다.
■ 공동주택 관리단
비영리내국법인이 법인세 신고시 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 금액 상당액을 공동주택 관리규약에 따라 고유목적사업에 지출할 목적으로 ‘장기수선충당금’, ‘관리비차감적립금’ 등으로 적립하는 경우 해당금액은 「법인세법」제29조 제1항을 적용할 때 결산시 손비로 계상한 것으로 보는 것임(사전법령해석법인2021-189 2021.11.04.)
■ 주무관청에 등록되지 않은 법인으로 보는 단체에 해당하는 교회
- 3년이상 목사 사택으로 사용하던 아파트 양도소득이 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 법인세 과세 여부
목사사택의 경우 사실판단에 의하여 고유목적사업에 사용한 것으로 보면 양도소득에 대해 법인세 과세대상이 해당되지 않으나, 이때에도 법인소유 주택 (10년이상 무상사용 주택이 아닌 경우)에 대한 별도의 법인세 과세대상 (세율 20%)에는 해당합니다. - 수익사업 소득으로서 법인세 과세대상 소득이 있는 경우, 법인으로 보는 단체로서 세무서장 승인을 받은 교회의 경우에 고유목적준비금 50% 설정하여 손금 산입이 가능한지 ?
주무관청에 등록되지 않는 개별교회는 고유목적사업 준비금을 손금에 산입할 수 없다.대법2010두29017 2011.04.14. 등 )
■ 비영리법인의 지점이 본점으로 전출한 수익금의 고유목적사업준비금 사용여부
수익사업을 영위하는 비영리법인 지점이 수익의 일부를 고유목적사업을 영위하는 비영리법인 본점에 전출하는 경우에는 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없다. (서면법령해석법인2016-4643 2016.12.14)
■ 처분가능이익이 없는 경우에도 신고조정으로 고유목적사업준비금 손금산입이 가능한지
비영리내국법인이 신고조정으로 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 경우 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적준비금(임의적립금 )으로 적립하여야 하는 것이나,
해당 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 고유목적준비금 전액을 적립금으로 적립할 수 없을 때에는 해당 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며, 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립하여야 하는 것이다. (사전법령해석법인2019-741 2020.01.17 ) ( 대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 )
■ 신고조정대상 비영리법인의 준비금 추가 전입이 가능한지
법인의 소득을 사외유출시키지 아니하고 고유목적사업에 사용하도록 하기 위한 것임을 고려할 때 준비금 상당액을 차후 사외유출하지 아니하고 이익잉여금으로 사내유보하고 있고, 주주총회, 이사회 결의에서 이익잉여금처분을 수정결의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 적립금을 추가 계상하였다면 고유목적준비금을 적립한 것으로 보아 손금에 산입할 수 있다
■ 처분청의 경정으로 인한 증액된 소득에 대하여도 준비금(손금)으로 경정청구에 의한 추가전입이 가능한지
만약 이를 인정하게 된다면 정상적으로 신고 납부하는 납세자와의 형평성을 유지하기 어려워 준비금제도가 유명무실하게 운영될 것으로 보이고 그 입법 취지와도 부합하지 않는 것으로 보이는점 등에 비추어 처분청의 경정된 소득에 대하여 고유목적준비금(손금)으로 추가 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. ( 조심2019부4287 2021.06.14.)
■ 조합원에게 지출한 배당금액의 고유목적사업준비금 손금산입 가능여부
경정으로 고유목적준비금의 손금산입 한도가 증가한 경우, 당초 손금에 산입하지 않은 배당금액을 경정청구 등을 통해 추가로 세무조정계산서에 계상하면 해당 금액은 손금에 산입할 수 있는 것임 ( 기획재정부법인-104 2020.01.23.)
■ 결산조정대상 비영리법인의 고유목적사업준비금 추가 손금산입 가능 여부
비영리법인이 결산시 고유목적사업준비금을 한도액에 미달하게 계상한 경우에는 그 후 국세기본법 규정에 의한 경정청구에 의해서 그 과소 계상한 준비금상당액을 손금에 산입할 수 없는 것임 ( 법인-101 2014.03.05. )
☞이 예규는 결산조정대상이므로 감가상각비와 같이 당초 결산서에 반영되지 아닌한 비용에 대해서는 추후 경정청구를 인정하지 않는 취지와 같이 해석한 것으로 보입니다.
그러나 신고조정 대상 법인의 경우 추가 전입을 통하여 손금산입이 가능하도록 해석하고 있는 예규와 비교하면 모순이 있는 해석으로 보입니다
■ 고유목적사업준비금 사용 ( 집행기준 : 29-56-7 집행기준 : 29-56-11 기타 예규등 )
① 고유목적사업준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 날이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이되는 날까지 고유목적사업에의 지출이나 지정기부금의 지출에 사용하여야 한다. 이 경우 고유목적사업에의 지출이란 수익사업에서 발생한 소득으로 해당 비영리법인의 고유목적사업 수행을 위하여 실제로 지출(연구비나 장학금 등 지급)하는 것을 말한다.
②고유목적사업준비금의 사용 여부에 대한 사례를 예시하면 다음과 같다.
- 고유목적사업준비금의 사용으로 보는 경우
- 정관상 고유목적사업을 수행하는 직원의 주거용으로 취득하는 사택의 취득 비용
- 사내복지근로기금이 고유목적사업준비금을 우리사주조합에 우리사주 구입자금지원 목적으로지출하는 금액 (단, 수익사업에 해당하는 경우 제외)
- 고유목적사업에 직접 사용하기 위해 사무실을 임차하고 지급한 임차보증금 및 임대료
- 의료법인 병원 건물 및 병원 건물의 부속토지 취득비용
- 공동주택 관리규약에 따라 고유목적사업에 지출할 목적으로‘장기수선충당금’,‘관리비차감적립금’등으로 적립하는 경우
- 고유목적사업준비금의 사용으로 보지 않는 경우
- 의료법인이 노인의료복지시설 중 노인요양시설 공사를 위하여 지출한 금액
- 의료법인이 취득한 병원건물내 진료실을 건강검진센터·영안실로 용도변경하며 지출한 공사
- 의료법인이 의료기기 등의 고정자산 취득을 위해 차입한 금액을 상환하는 경우 해당 금액
- 사내근로복지기금이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 기본재산으로 편입한 경우.
- 수익용부동산 취득.
- 고유목적사업 사용자산의 감가상각비.
- 수익사업소득의 정기예금예치.
- 장학법인, 사회복지법인 등 공익법인의 임원 및 종업원이 받는 급여 중 8천만원을 초과하는금액은 비영리법인의 상속증여세 및 법인세 계산시 고유목적 지출로 보지 않는다. 다만 법인세 신고전에 인건비 지급기준에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 고유목적 지출로 인정한다.
- 고유목적사업준비금으로 손금 계상한 고정자산처분이익을 정기예금에 예치하고 비영리사업회계에 전출하였으나 실제 5년이 경과하도록 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그 추징사유가 발생하였다고 보아야 한다. ( 조심20212375 2022.09.14. )
